Entité de rattachement
CYANO Cyanobactéries et Environnement
Thème interdisciplinaire de recherche
Microbiologie envionnementale

Contact

Courriel
sebastien.halary [at] mnhn.fr
Téléphone
01 40 79 31 54
Adresse(s)

12 rue Buffon
75005 Paris

Enseignements

Présentation

  • Activités de recherche:

Au sein d’un même écosystème, les bactéries d’une même « espèce » présentent une incroyable diversité, loin de l’uniformité que laisse supposer leur mode de reproduction clonale. C’est ce qu’on appelle la microdiversité. Les cyanobactéries continentales, les bactéries photosynthétiques oxygéniques, sont un modèle de choix pour l’étude de la diversité intra-spécifique, car une seule population, qui peut atteindre une densité phénoménale, est composée d’une multitude de génotypes différents, chacun possédant des capacités adaptatives uniques.

Mon activité de recherche principale tente de répondre aux questions suivantes :

  • Comment décrire la microdiversité ?

  • Quelles sont les conséquences de la microdiversité sur l’Adaptation des populations de cyanobactéries continentales et le fonctionnement de leur écosystème ?

  • Quels mécanismes expliquent l’existence et le maintien d’une telle diversité ?

Ces problématiques sont abordées par des approches pluridisciplinaires associant génomique environnementale, physiologie de l’adaptation, virologie et écotoxicologie.

Terrains de recherche

Image

Publications

2025
  • Foucault Pierre, Halary Sébastien, Duval Charlotte, Goto Midoli, Marie Benjamin, Hamlaoui Sahima, Jardillier Ludwig, Lamy Dominique, Lance Emilie, Raimbault Emmanuelle, Allouti Fayçal, Troussellier Marc, Bernard Cécile, Leloup Julie & Duperron Sébastien, février 2025A summer in the greater Paris: trophic status of peri-urban lakes shapes prokaryotic community structure and functional potential. With more than 12 million inhabitants, the Greater Paris offers a “natural laboratory” to explore the effects of eutrophication… Environmental Microbiome vol. 20, n° 1, p. 24
    ISSN
    2524-6372
  • Roussel Théotime, Hubas Cédric, Halary Sébastien, Chynel Mathias, Duval Charlotte, Cadoret Jean-Paul, Meziane Tarik, Vernès Léa, Yéprémian Claude, Bernard Cécile & Marie Benjamin, janvier 2025Limnospira (Cyanobacteria) chemical fingerprint reveals local molecular adaptation. Microbiology Spectrum , , e01901–24 Publisher: American Society for Microbiology
2024
  • Duperron Sébastien, Halary Sébastien, Bouly Jean-Pierre, Roussel Théotime, Hugoni Myléne, Bruto Maxime, Oger Philippe M., Duval Charlotte, Woo Anthony, Jézéquel Didier, Ader Magali, Leboulanger Christophe, Agogué Hélène, Grossi Vincent, Troussellier Marc et al., avril 2024Transcriptomic insights into the dominance of two phototrophs throughout the water column of a tropical hypersaline-alkaline crater lake (Dziani Dzaha, Mayotte).

    Saline-alkaline lakes often shelter high biomasses despite challenging conditions, owing to the occurrence of highly adapted… Frontiers in Microbiology vol. 15, , Publisher: Frontiers

    ISSN
    1664-302X
  • Halary Sébastien, Duval Charlotte, Marie Benjamin, Bernard Cécile, Piquet Bérénice, Gros Olivier, Bourguet-Kondracki Marie-Lise & Duperron Sébastien, janvier 2024Genomes of nine biofilm-forming filamentous strains of Cyanobacteria (genera Jaaginema, Scytonema, and Karukerafilum gen. nov.) isolated from mangrove habitats of Guadeloupe (Lesser Antilles). Biofilm-forming cyanobacteria are abundant in mangrove ecosystems, colonizing various niches including sediment surface and… FEMS Microbes vol. 5, , xtad024
    ISSN
    2633-6685
2023
  • Roussel Théotime, Halary Sébastien, Duval Charlotte, Piquet Bérénice, Cadoret Jean-Paul, Vernès Léa, Bernard Cécile & Marie Benjamin, août 2023Monospecific renaming within the cyanobacterial genus Limnospira (Spirulina) and consequences for food authorization. The cyanobacterial genus, Limnospira (anc. Arthrospira Stizenberger ex Gomont 1892), commonly called “Spirulina”, is widely… Journal of Applied Microbiology vol. 134, n° 8, lxad159
    ISSN
    1364-5072
  • Halary Sébastien, Duperron Sébastien, Kim Tiam Sandra, Duval Charlotte, Bernard Cécile & Marie Benjamin, juin 2023Intra-population genomic diversity of the bloom-forming cyanobacterium, Aphanizomenon gracile, at low spatial scale. Cyanobacteria are oxygenic photosynthetic bacteria that perform a substantial part of the global primary production. Some… ISME Communications vol. 3, n° 1, p. 1-4 Number: 1 Publisher: Nature Publishing Group
    ISSN
    2730-6151
  • Gallet Alison, Halary Sébastien, Duval Charlotte, Huet Hélène, Duperron Sébastien & Marie Benjamin, mai 2023Disruption of fish gut microbiota composition and holobiont’s metabolome during a simulated Microcystis aeruginosa (Cyanobacteria) bloom. Cyanobacterial blooms are one of the most common stressors encountered by metazoans living in freshwater lentic systems such as… Microbiome vol. 11, n° 1, p. 108
    ISSN
    2049-2618
  • Wang Huibin, Halary Sébastien, Duval Charlotte, Bernard Cécile, Troussellier Marc, Beniddir Mehdi A., Brunel Jean-Michel, Castaldi Andrea, Caudal Flore, Golléty Claire, Martin Coralie, Bourguet-Kondracki Marie-Lise & Duperron Sébastien, 2023Diversity, metabolome profiling and bioactivities of benthic filamentous cyanobacteria isolated from coastal mangroves of Mayotte. Frontiers in Marine Science vol. 10, ,
    ISSN
    2296-7745
2022
  • Gaëtan Juliette, Halary Sébastien, Millet Maxime, Bernard Cécile, Duval Charlotte, Hamlaoui Sahima, Hecquet Amandine, Gugger Muriel, Marie Benjamin, Mehta Neha, Moreira David, Skouri-Panet Fériel, Travert Cynthia, Duprat Elodie, Leloup Julie et al., décembre 2022Widespread formation of intracellular calcium carbonates by the bloom-forming cyanobacterium Microcystis. The formation of intracellular amorphous calcium carbonates (iACC) has been recently observed in a few cultured strains of… Environmental Microbiology , ,
    ISSN
    1462-2920
  • Halary Sébastien, Duperron Sébastien, Demay Justine, Duval Charlotte, Hamlaoui Sahima, Piquet Bérénice, Reinhardt Anita, Bernard Cécile & Marie Benjamin, décembre 2022Metagenome-Based Exploration of Bacterial Communities Associated with Cyanobacteria Strains Isolated from Thermal Muds. Cyanobacteria constitute a pioneer colonizer of specific environments for whom settlement in new biotopes precedes the… Microorganisms vol. 10, n° 12, p. 2337 Number: 12 Publisher: Multidisciplinary Digital Publishing Institute
    ISSN
    2076-2607