Historique des thèses et HDR

Soutenance de thèse

Wang Huibin

Doctorat sous la direction de Marie-Lyse. Bourguet-Kondracki Marie-Lise et Sébastien Duperon

Soutenance le 16 octobre 2023

Soutenance d’habilitation à diriger des recherches

Kish Adrienne

Les surfaces des cellules procaryotes comme interfaces d’interaction dans des conditions extrêmes.

Soutenance le 04 octobre 2023

Soutenance de thèse

Favreau Charly

Doctorat sous la direction d'Adrienne Kish, Séverine Zirah et Arnaud Huguet (Sorbonne Université)

Soutenance le 5 avril 2023

Soutenance de thèse

Béziat Naema

Caractérisation d’une symbiose bactérienne colonisant les branchies de diverses espèces de crabes de Guadeloupe.

Doctorat sous la direction de Olivier Gros et Sébastien Duperron

Soutenance le 16 décembre 2022 (Financement : Région Antilles)

Soutenance de thèse

Telhig Soufiane

Étude du potentiel des microcines comme alternative aux antibiotiques en santé animal : Approche phénotypique, génomique et métabolomique.

Doctorat sous la direction de Séverine Zirah (MCAM Umr 7245) et Ismail Fliss, professeur, Université Laval, Québec, Canada

Soutenance le 28 octobre 2022 à  l'université Laval, Québec :

Soutenance de thèse

Bernard Charles

Détection et caractérisation expérimentale des variants environnementaux de protéines de communication et défense chez les procaryotes par des méthodes de réseaux.

Doctorat sous la direction de Yanyan Li (MCAM Umr 7245), Philippe Lopez (YSYEB, Umr 7205) et Eric Bapteste (YSYEB, Umr 7205).

Soutenance le 20 janvier 2022

Soutenance de thèse

Gallet Alison

Impact des efflorescences de cyanobactéries sur le microbiome intestinal de poissons téléostéens.

Doctorat sous la direction de Sébastien Duperron et Benjamin Marie

Soutenue le 10 décembre 2021 (Financement : ED227)

Soutenance de thèse

Le Meillour Louise

Contribution de la Paléoprotéomique à l'étude de la diffusion des pratiques d'élevage de caprinés en Afrique de l'Est et Australe.

Doctorat sous la direction de Séverine Zirah (MCAM Umr 7245), Joséphine Lesur (AASPE Umr 7209) et Antoine Zazzo (AASPE Umr 7209)

Soutenance le 22 mars 2021

Soutenance d’habilitation à diriger des recherches

MARIE Benjamin

Apports des approches globales de type « omique » dans les études écotoxicologiques des effets des proliférations de cyanobactéries chez les poissons d’eau douce

Soutenue le 14 juin 2021

Soutenance de thèse

DEMAY Justine

Diversité des activités de métabolites de cyanobactéries des boues thermales de Balaruc-les -Bains

Doctorat sous la direction de Cécile Bernard et Benjamin Marie

Soutenue le 08 décembre 2020 (Financement : bourse Cifre)

Soutenance de thèse

SAYOUS Victor

Production de terpénoïdes de plantes chez Escherichia coli par biologie de synthèse.

Doctorat sous la direction de Yanyan Li

Soutenance le 25 septembre 2020

Soutenance d’habilitation à diriger des recherches

Carré-Mlouka Alyssa

Diversité et mécanismes moléculaires dans les interactions biotiques des microorganismes environnementaux

Soutenance le 10 octobre 2019

Soutenance d’habilitation à diriger des recherches

Li Yanyan

Microbial Specialised Metabolism: A treasure trove

Soutenance le 24 janvier 2019

Soutenance de thèse

HONG Zhilaï

Peptide natural products from Pseudomonas: discovery, biosynthesis and ecological roles

Doctorat sous la direction de Yanyan Li

Soutenance le 13 décembre 2018

Soutenance de thèse

PIQUET Bérénice

Flexibilité des Symbioses entre Bivalves et bactéries chimiotrophes : mécanismes, régulation et résilience.

Doctorat sous la direction de Sébastien Duperron et A. Anderson

Soutenue le 23 octobre 2018 (Financement : Région Bretagne et UMPC)

Soutenance de thèse

MASSE Anaïs

Association entre la chlorophyte microperforante du genre Ostreobium et les coraux scléractiniaires

Doctorat sous la direction de Isabelle Domart-Coulon et Aline Tribollet

Soutenance le 24 septembre 2018

Soutenance de thèse

FERCOQ Frédéric

Interactions filaire/poumon dans le modèle murin de filariose Litosomoides sigmodontis

Doctorat sous la direction de Coralie Martin

Soutenance le 29 septembre 2017 à Paris, Muséum national d'Histoire naturelle , dans le cadre de École doctorale Sciences de la nature et de l'Homme. Évolution et écologie (Paris).

Jury:

• Coralie Martin
• Geneviève Milon
• Isabelle Wolowczuk
• Laurence Delhaes
• Marc Huebner
• Frédéric Landmann

Résumé

Soutenance de thèse

ESPOSITO Germana

Métabolites secondaires d’origine marine : stéréo-structures, activités biologiques, études génétiques.

Doctorat sous la direction de Marie-Lise Bourguet-Kondracki et V. Costantino (co-tutelle avec l’Université Federico II de Naples)

Soutenance le 18 mai 2017 à Naples, Italie

Soutenance de thèse

IMBOUMY-LIMOUKOU Roméo-Karl

Caractérisation de la protéine Plasmodium falciparum 113 (Pf113) et comparaison de la réponse immune humorale dirigée contre Pf113 à celle de deux antigènes candidats vaccins au Sud-Est du Gabon

Doctorat sous la codirection d’Isabelle FLORENT et de  Jean-Bernard LEKANA-DOUKI (CIRMF, Gabon)

Thèse de Doctorat, de l’Université des Sciences et Techniques de Masuku – Ecole Doctorale Régionale En Infectiologie Tropicale De Franceville, soutenue le 14 janvier 2017 à  Franceville, Gabon, pour obtenir le grade de Docteur de l’EDR, co-endadrement UMR7245

Jury

• Dr. Adrian LUTY, Chercheur IRD MERIT‐UMR, Cotonou (Rapporteur)
• Dr. Denise MATTEI, Chercheur Institut Pasteur, Paris (Rapporteur)
• Dr. Fousseyini TOURE-NDOUO, Chercheur CIRMF, Franceville (Examinateur)
• Pr. Marielle K. BOUYOU-AKOTET, Chercheur USS, Libreville (Examinateur)
• Pr. Jean-Bernard LEKANA-DOUKI, Chercheur CIRMF, Franceville (Co-directeur de thèse)
• Pr. Isabelle FLORENT,  Professeur MNHN, Paris (Co-directrice de thèse)

Résumé

En 2015, le paludisme a occasionné plus de 240 millions de cas cliniques et 438.000 décès dans le monde, demeurant ainsi un problème majeur de santé publique. De plus, il n’existe toujours pas de vaccin efficace contre cette maladie. Il devient donc crucial d‘approfondir nos connaissances sur la biologie de Plasmodium falciparum afin de trouver de nouvelles ciblés thérapeutiques. Au cours de l’infection palustre, les érythrocytes sont envahis par les mérozoïtes de P. falciparum. Cette invasion est une étape clé dans le cycle de vie de Plasmodium. Elle se fait de manière séquentielle et met en jeu des interactions entre des protéines du parasite et celles de l’érythrocyte. Plusieurs études ont montré que les antigènes plasmodiaux mis en jeu lors de l’invasion constitueraient de bonnes cibles vaccinales. C’est dans ce contexte que nous nous sommes particulièrement intéressés à l’un d’entre eux : l’antigène Pf113.

L’objectif principal de ces travaux de thèse était d’étudier l’antigène Pf113 afin de préciser ses potentialités comme cible vaccinale contre le paludisme. Les résultats obtenus ont montré que Pf113 est exprimé durant tout le cycle érythrocytaire mais aussi durant le cycle hépatique du parasite. Aussi, le polymorphisme de Pf113 s’est avéré limité dans le Sud-Est du Gabon. En évaluant la réponse immunitaire humorale dirigée contre Pf113, plus de 50% des seras des enfants testés étaient positifs contre la Pf113 recombinante. En comparant cette réponse à celle de deux autres candidats vaccins, nous avons montré que la réponse immune humorale dirigée contre PfAMA1 était supérieure à celle dirigée contre Pf113 qui à son tour était supérieure à celle dirigée contre PfRh5.  Par sa localisation à différents stades de développement, son polymorphisme limité, son immunogénicité, sa réponse immune humorale qui serait associée à une protection anti-maladie, Pf113 pourrait être prise en compte dans la conception d’un vaccin. Toutefois des études supplémentaires sont nécessaires.

Abstract

In 2015, malaria was responsible for more than 214 million clinical cases and for over 438,000 deaths. Malaria remains a challenging problem for public health. In addition, there is still no effective vaccine against this disease. It is therefore crucial to deepen our knowledge of the biology of Plasmodium falciparum in order to find new therapeutic targets. During malaria infection, erythrocytes are invaded by P. falciparum merozoïte. The invasion is done sequentially and involves interactions between parasite proteins and erythrocyte proteins. Several studies have shown that plasmodial antigens involved in the invasion constitute good vaccine targets. In this context, we were particularly interested in one of them: the Pf113 antigen.

The main objective of this thesis was to study the Pf113 antigen in order to clarify its potential as a vaccine target against malaria. Results showed that Pf113 was expressed throughout the erythrocytic cycle but also during the hepatic development of P. falciparum. Pf113 polymorphism was found to be limited in South-Eastern Gabon. While studying humoral response to several antigens in children, almost 50% of the sera displayed a positive response to recombinant Pf113 protein. In these sera, the anti-PfAMA1 response was higher than the anti-Pf113 response, which in turn was higher than the anti-PfRh5 response. Its low polymorphism, its immunogenicity and its localization further support that Pf113 could be an interesting candidate for malaria vaccines, but further studies are necessary.

Soutenances de thèse

QIAO Qin

Effets reprotoxiques des microcystines et des métabolites secondaires produits par les cyanobacteries du genre Microcystis chez le poisson médaka adulte

Doctorat sous la direction de Cécile BERNARD et Benjamin MARIE

Soutenance le 16 decembre 2016 à 14h au MUSEUM (63 rue buffon,,salle des collections) devant le jury composé de :

• WIEGAND Claudia, Professeur (Rapporteur)
• FESSARD Valérie, Directeur de Recherche (Rapporteur)
• LUDEK Bláha, Professeur (Examinateur)
• ZHANG Xuezhen , Professeur (Examinateur)
• BERNARD Cécile, Professeur (Directrice de thèse)
• MARIE Benjamin, Chargé de Recherche (Co-directeur de thèse)

Summary:  

The study was conducted to investigate the potential reproductive toxicity of MC-LR and the mixture of secondary metabolites produced by MC-producing Microcystis in adult medaka fish with one acute and one chronic investigation. An investigation of the metabolic specificities of the liver in two genders of medaka fish was performed in prior to the cyanotoxin exposure.

The metabolic specificities of the liver in adult medaka fish were investigated by using histological, metabolomic, proteomic and transcriptomic approaches, which attested to a strong sexual dimorphism that concerned various cellular and molecular processes of hepatocytes. The histological observation clearly showed differences of reserve vesicle within hepatocytes between female (large isolated reserve vesicles) and male (more diffuse small vesicle) fish. Metabolomic investigation detected and quantified 237 potential metabolites in the medaka liver. Fifty-nine metabolites are over-represented in females, and 103 appear to be over-represented in males. Female-enriched metabolomes are implicated in some saccharide and amino acid metabolic processes, whereas male-enriched metabolomes exhibit signatures of steroid hormone biosynthesis and energy (TCA, nitrogen) processes, when the common metabolite set is more relevant to other amino acid and saccharide metabolism. Proteomic analysis identified and quantified 1241 proteins in the medaka liver. Twenty-five and one hundred twenty-five proteins are significantly over-represented in males and females, respectively ( | FC | >3 and p <0.01). Female-biased proteins are significantly related to tRNA and nucleotide sugar metabolism, whereas male-biased proteins are related to bile and amino acid metabolisms, and common proteins to other TCA, sugar, lipid and amino acid metabolisms. Transcriptomic study revealed 375 and 147 significantly enriched transcripts in females and males, respectively (|FC|>4 and p <0.001). The strong sex-biases of transcripts testify to the intensity of the female liver efforts for the gene expression and the synthesis of the oocyte precursor proteins, and the involvement of the male liver in steroid hormone and metabolism processes.

In the acute investigation, adult medaka fish were administered with 10 µg.g ^-1 bw of pure MC-LR for 1 hour by gavage. The histological examination and immunolocalization of the MC-treated fish liver revealed a severe liver lesion along with an intense distribution of MC-LR in the liver, being particularly localized in the cytoplasm and nucleus of hepatocytes. In the goand of MC-treated fish, MC-LR was shown to be present in the connective tissue of ovary and testis. Additionally, immunogold electron microscopy, for the first time, revealed that MC-LR was also localized in the chorion, cytoplasm and yolk vesicles of oocytes.

In the chronic study, adult medaka fish were chronically exposed to 1 and 5 µg.L ^-1 microcystin-LR (MC-LR) and to the extract of MC-producing Microcystis aeruginosa PCC 7820 (5 µg.L ^-1 of equivalent MC-LR) by balneation for 28 days. The results revealed that both MC-LR and the Microcystis extract exert adverse effects on reproductive parameters including fecundity and egg hatchability. The main cause of the observed reproduction impairment is believed to be the overall liver dysfunction induced by MC-containing treatments, rather than their directly deleterious effects on gonad. The histological observation indicated that hepatocytes of female fish under toxin treatments present noticeable glycogen storage loss along with severe cellular damages. The quantitative proteomics analysis revealed that the quantities of 225 hepatic proteins are dysregulated under the three toxic treatments. In particular, a notable decrease in protein quantities of vitellogenin and choriogenin was observed, which could explain the decrease in reproductive output. In addition, our toxin treatments do not induce any characteristic estrogenic effects. Liver transcriptome analysis through Illumina RNA-seq reveals that over 100 to 400 genes are differentially expressed under 5 µg.L ^-1 MC-LR and Microcystis extract treatments, respectively. Ingenuity pathway analysis of the omics data attests that various metabolic pathways, such as energy production, protein biosynthesis and lipid metabolism, are disturbed by both MC-LR and the Microcystis extract, which could be provoking the observed reproductive impairment. The transcriptomics analysis also constitutes the first report of the impairment of hepatic circadian-rhythm-related genes induced by MCs. This study contributes to a better understanding of the potential consequences of chronic exposure of fish to environmental concentrations of cyanotoxins, suggesting that Microcystis extract could impact a wider range of biological pathways, compared with pure MC-LR, and even 1µg.L ^-1 MC-LR potentially induces a health risk for aquatic organisms.

Soutenances de thèse

LE MANACH Séverine

Diversité des métabolites secondaires produits par les cyanobactéries et leurs effets écotoxicologiques chez le poisson médaka

Doctorat sous la direction de Benjamin MARIE et Séverine ZIRAH

Soutenance le 06 decembre 2016 à 14h au MUSEUM (Amphi rouelle) devant le jury composé de :

• BERNARD Cécile, Professeur (Président)
• MARIE Benjamin, Chargé de Recherche (Directeur de thèse)
• ZIRAH Séverine, Maître de Conférence (Directeur de thèse)
• HEGARET Hélène, Chargé de Recherche (Rapporteur)
• GONZALEZ Patrice, Chargé de Recherche (Rapporteur)
• VASCONCELOS Vitor, Professeur (Examinateur)
• VINH Joëlle, Directeur de Recherche (Examinateur)
• GEFFARD Olivier, Chargé de Recherche (Examinateur)

Résumé :

Depuis plusieurs décennies, les évènements d’efflorescences de cyanobactéries n’ont cessé d’augmenter en raison de l’eutrophisation exacerbée des milieux aquatiques et des changements climatiques globaux. Dans les eaux douces, le genre Microcystis est le plus fréquemment rencontré lors des épisodes d’efflorescences de cyanobactéries. Elles sont capables de produire une grande diversité de métabolites secondaires potentiellement toxiques, y compris les microcystines (MCs) qui sont les cyanotoxines les plus souvent rencontrées. Dans ce contexte, les travaux de ma thèse se sont intéressés à la diversité chimique associée aux cyanobactéries du genre Microcystis ainsi qu’à l’étude de leurs effets écotoxicologiques sur le poisson modèle médaka (Oryzias latipes).

Les objectifs principaux ont été traités d’une part à travers l’élaboration d’une base de données via une étude bibliographique, comprenant environ 700 métabolites secondaires produits par les cyanobactéries d’eaux douces et par une approche globale de comparaison de la diversité chimique de 24 souches de cyanobactéries du genre Microcystis. D’autre part, compte tenu de la complexité associée aux organismes étudiés, nous avons dans un premier temps évalué le potentiel toxique d’extraits complexes de cyanobactéries aux chemotypes distincts vis à vis du poisson médaka de façon chronique (28 jours). Ensuite, les poissons ont été exposés à des cultures de clones de Microcystis producteurs ou non producteurs de MCs durant 21 jours en microcosmes et durant 4 jours en mésocosmes.

Les résultats acquis décrivent une grande diversité de composés principalement oligopeptidiques potentiellement bioactifs produits par le genre Microcystis. D’une façon générale on a pu observer des réponses distinctes entre les femelles et mâles médaka exposés aux différents traitements de cyanobactéries.

Les extraits contenants des MCs ont induits des dommages hépatocellulaires conséquents et les analyses de protéomiques et métabolomiques ont mis en évidence des dérégulations de protéines impliquées notamment dans la régulation de l’homéostasie et divers processus métaboliques. Nos résultats des expositions aux cellules vivantes montrent que les clones producteurs mais également non producteurs de MCs induisent des dommages hépatocellulaires et la dérégulation de voies moléculaires principalement impliquées dans la production d’énergie, la régulation de l’homéostasie et le métabolisme des stéroïdes.

Par la combinaison d’approches « omiques » et histopathologiques, ce travail de thèse montre pour la première fois d’importants disfonctionnements du métabolisme hépatique associés à une toxicité cellulaire issu de l’exposition à divers clones de Microcystis. Ces résultats suggèrent également que l’exposition à des cyanobactéries dans l’environnement puisse à terme être responsable de perturbations de la reproduction de certaines espèces de poissons. Par ailleurs, ces résultats mettent en avant que des métabolites délétères autres que les MCs sont produits par les cyanobactéries et qu’il est important dans l’évaluation des risques environnementaux de prendre en considération la complexité métabolique des cyanobactéries plutôt que l’effet d’une seule cyanotoxine.

Abstract :

Over the past few decades, massive cyanobacterial blooms have been increasing due to the interactive effects of eutrophication and climate change. In freshwater, the cyanobacterium Microcystis is an important bloom-forming and toxin producing genus. Microcystis is known to produce a large proportion of secondary metabolites potentially toxic, comprising the well known microcystin cyanotoxins (MCs) that have attracted more attention due to their worldwide distribution. In this general context, my thesis focuses on the diversity of Microcystis natural products and their ecotoxicological effects on medaka fish (Oryzias latipes).

The main objectives were on the one hand investigated through the establishment of a database of above 700 secondary metabolites produced by freshwater cyanobacteria and a global comparison of the chemical diversity of 24 Microcystis strains. On the other hand, given the complexity related to the organisms, we initially assessed the toxic potential of complex cyanobacterial extracts exhibiting various chemotypes on medaka fish chronically exposed (28 days). Then medaka fish were exposed to MCs-producing and non-MCproducing living strains for 21 days in microcosms and for 4 days in mesocosms.

Our results described a high diversity of potentially bioactive compounds which are mainly oligopeptide classes produced by Microcystis genus. Overall, sex-dependent responses were observed after all cyanobacterial treatments. Complex extract containing MCs induced clear hepatocellular damages and both proteomics and metabolomics analyses highlighted differential expression of proteins involved in the regulation of homeostasis and various other metabolic processes. Our results of the living strains exposure revealed that both non-MC and MC-producing strains were able to induce hepatocellular damages and dysregulations of molecular pathways involved in energy production, regulation of homeostasis and steroids metabolism.

Altogether, this combination of histological and molecular approaches exhibit the cellular impairments associated with clear biological disruptions in the liver as a result of Microcystis exposures. In addition these results suggest that, in natural environment, cyanobacterial exposition may ultimately impact the reproduction process of some species. Furthermore, these results highlight that deleterious metabolites, other than MCs, are produced by cyanobacteria such as Microcystis and the importance of considering cyanobacterial cells as a whole to assess the realistic environmental risk of cyanobacteria on fish.

Soutenances de thèse

GHANMI Fadoua

Production, purification et caractérisation de peptides antimicrobiens d’archées halophiles isolées de la saline de Sfax

Doctorat sous la direction de Sylvie Rebuffat et Sami Maalej et co-encadré par Alyssa Carré-Mlouka.

Thèse en co-tutelle avec l’Université de Sfax (Tunisie)

Soutenance le 1er décembre 2016

Soutenances de thèse

MAEVAERE Jimmy

Les peptides lasso des actinobactéries : diversité chimique et rôle écologique

Doctorat sous la direction de Séverine Zirah et co-encadré par Yanyan Li.

Soutenance le 14 novembre 2016

Soutenances de thèse

BESSE Alison

Interactions microbiennes et adaptations en milieu extrême : peptides antimicrobiens d’archées halophiles

Doctorat sous la direction de Sylvie Rebuffat et co-encadré par Alyssa Carré-Mlouka.

Soutenance le 23 septembre 2016

Soutenances de thèse

LECOINTRE Agathe

Scleractinian coral morphogenesis : searching for stem cells and precursors of the skeletogenic calicodermis.

Doctorat sous la direction de Domart-Coulon, I. et Meibom, A.

thèse de l’Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne

Soutenance le 30 août 2016

Soutenances de thèse

SOUIDENNE Dhikra

Parasites chromidinés et dicyémides des sacs rénaux de céphalopodes : évaluation de leur biodiversité morphologique et moléculaire 

Doctorat sous la codirection d’Isabelle FLORENT et de Mohamed S. ROMDHAME (INAT, Tunis)

Thèse en cotutelle de l’Université de Carthage et de l’ED 227, MNHN, Discipline Ecologie et Evolution, soutenue le 28 avril 2016 à Paris, MNHN (Amphi Rouelle)

Jury

• Dr. Isabelle ARZUL, IFREMER, Laboratoire de Génétique et Pathologie, La Tremblade       (Rapporteur)
• Pr. M’Hamed EL CAFSI, Faculté des Sciences Mathématiques Physiques et Naturelles de Tunis (Rapporteur)
• Pr. Angel GUERRA, Instituto de Investigaciones Marinas (CSIC), Vigo, Espagne     (Examinateur)
• Dr. Nicolas PUILLANDRE, MC, ISYEB - UMR7205, MNHN                  (Examinateur)
• Pr. Mohamed S. ROMDHAME, Institut National Agronomique de Tunisie, Université de Carthage               (Directeur de thèse)
• Pr. Isabelle FLORENT, MCAM UMR 7245 CNRS-MNHN, MNHN     (Directeur de thèse)

Résumé

Les sacs rénaux des céphalopodes sont communément le siège d’infections parasitaires spectaculaires provoquées principalement par des ciliés apostomes du genre Chromidina et des mésozoaires, les dicyémides. Les formes végétatives sont vermiformes et peuvent atteindre plusieurs mm de long. Elles sont fixées par leur partie antérieure aux cellules rénales. La diversité de ces parasites énigmatiques, basée sur des morpho-espèces, reste très mal connue pour les chromidinés et aucune donnée moléculaire n’est disponible pour ces ciliés. Les Dicyémides ont été en revanche plus étudiés mais les données morphologiques et moléculaires sont parcellaires et leurs relations phylogénétiques restent débattues.

Au cours de cette thèse, nous nous sommes proposés d’étudier ces deux groupes afin d’évaluer leur biodiversité chez les céphalopodes méditerranéens et d’Atlantique, et de fournir plus d’éléments pour la compréhension de leur systématique et de leur phylogénie. Ainsi, à partir d’un large d’échantillonnage de céphalopodes d’Atlantique (Concarneau, France) et méditerranéens (La Goulette, Tunisie) prélevés sur 3 années consécutives, nous avons entrepris de caractériser morphologiquement et génétiquement ces parasites en réalisant une analyse moléculaire du marqueur ADNr 18S afin d’aborder la notion d’espèce, de préciser leur spécificité d’hôte, de corréler la diversité morphologique et génétique, et de mesurer la variabilité génétique au sein d’une même morpho-espèce.

Dans nos échantillonnages, la prévalence de l’infection par des chromidinés s’est révélée faible, certainement biaisée par les milieux échantillonnés, essentiellement benthiques, alors que les chromidinés infectent préférentiellement les céphalopodes pélagiques. Nous pouvons cependant prédire que leur biodiversité est sous-estimée, car deux nouvelles espèces ont pu néanmoins être décrites. Nous avons pu obtenir pour la première fois des séquences de l’ADNr 18S de ces parasites. Les analyses phylogénétiques robustes montrent que les chromidinés se positionnent parmi les ciliés apostomes au sein de la classe des Oligohymenophorea, avec comme groupe frère les pseudocollinidés.

La prévalence des dicyémides était beaucoup plus importante (88%). Un problème important dans la systématique des dicyémides est que bon nombre de morpho-espèces nommées sont basées sur des descriptions morphologiques incomplètes qui entrainent des ambiguïtés dans leur détermination. Ceci nous a amenés à redécrire de façon détaillée sur tous les stades de développement l’espèce Dicyemennea eledones rencontrée dans nos échantillonnages. Les analyses phylogénétiques des séquences du marqueur ADNr 18S obtenues au cours de cette études et intégrant les séquences de dicyémides déjà connues, nous ont permis de définir 10 clades robustes. Les morpho-espèces ne se distribuent pas de façon non ambigüe au sein de ces clades puisque certaines morpho-espèces se retrouvent dans plusieurs clades et que certains clades peuvent regrouper plusieurs morpho-espèces. Ceci pose la question de la pertinence de ce marqueur ADNr 18S pour l’identification des espèces, voire même des genres, et pose également, la question de la pertinence des marqueurs morphologiques utilisés à ce jour pour la systématique des dicyémides.

Soutenances de thèse

ECHENIQUE Isidora

Mieux comprendre les conditions de développement et la biodiversité microbienne des biofilms en rivières pour mieux les surveiller - Cas particulier des biofilms à Cyanobactéries

Doctorat sous la direction de Catherine QUIBLIER et Jean-François HUMBERT

Soutenance le 19 avril 2016 à 14h au MUSEUM (Amphi rouelle) devant le jury composé de :

• LAUGA Beatrice, Professeur (Rapporteur)
• LOPEZ-GARCIA Purificación, Directeur de Recherche (Rapporteur)
• BELOIN Christophe, Directeur de Recherche (Examinateur)
• PERONA Elvira, Professeur (Examinateur)
• SEZONOV Guennadi, Professeur (Président)
• HUMBERT Jean-François, Directeur de Recherche (Directeur de thèse)
• QUIBLIER Catherine, Maître de conférences (Co-directrice de thèse)

Résumé :

Dans un contexte général de dégradation de nombreux écosystèmes aquatiques, les travaux de ma thèse se sont intéressés à la problématique des proliférations de cyanobactéries benthiques potentiellement toxiques qui peuvent former des biofilms épais sur le fond de certaines rivières. Alors que les proliférations de cyanobactéries planctoniques ont fait l’objet de nombreuses études, notamment en raison de leurs effets néfastes sur les écosystèmes et des limitations de leurs usages qu’elles provoquent, seul un nombre très restreint de travaux s’est intéressé aux proliférations de cyanobactéries benthiques. Partant de ce constat, les données acquises au cours de cette thèse se sont inscrits à la fois dans une démarche fondamentale d’acquisition de connaissances sur la composition microbienne et l’écologie des biofilms périphytiques, avec un regard particulier sur les proliférations de cyanobactéries benthiques en rivières, et dans une démarche plus appliquée sur les stratégies et outils pour la surveillance des biofilms à cyanobactéries dans les rivières afin de répondre à une demande des Agences de l’Eau et des gestionnaires de milieux aquatiques. Ces travaux ont reposé sur des prélèvements de biofilms dans deux rivières Françaises, le Tarn et la Loue, et dans neuf rivières Néo-Zélandaises. Les communautés microbiennes au sein des biofilms ont été caractérisées par des approches de séquençage à haut débit ciblant un fragment du gène de la petite sous-unité de l’ARN ribosomal 16S et 18S. Des données environnementales permettant de décrire le contexte dans lequel les biofilms se sont développés ont été également acquises.

Les résultats principaux permettant une amélioration des connaissances sur les communautés microbiennes et l’écologie des biofilms de rivières se rapportent à la mise en évidence (i) de l’importance fondamentale de certains facteurs comme la température de l’eau sur l’évolution saisonnière de l’ensemble des communautés périphytiques et de la nécessité de prendre en compte les contextes hydrologique et géologique des stations de prélèvements pour comprendre ces variations, (ii) par l’analyse des corrélations entre les OTU dominantes des communautés phototrophes et hétérotrophes, d’interactions positives entre certaines de ces OTU, par exemple dans le cadre du recyclage de la matière organique ou d’interactions négatives, par exemple dans le cas des compétitions pour l’accès à la lumière entre bactéries et micro-algues phototrophes et (iii) d’une structuration géographique des communautés bactériennes associées aux biofilms à cyanobactéries qui semble plus s’expliquer par le contexte environnemental local des biofilms que par leur éloignement par la distance. Concernant les données acquises lors de cette thèse pour améliorer la surveillance et la gestion des risques liés aux proliférations de cyanobactéries benthiques, nos travaux ont permis de montrer les limites d’un nouvel outil (sonde spectrofluorimétrique) pour la détection et la quantification des cyanobactéries benthiques et de proposer des stratégies d’échantillonnage pour évaluer l’importance des biofilms à cyanobactéries en rivières. Finalement, nos résultats suggèrent que la prévention des risques liés aux cyanobactéries benthiques potentiellement toxiques devrait essentiellement reposer sur l’information des usagers.

Summary :

In a general context of aquatic ecosystems degradation, my thesis focuses on the issue of potentially toxic benthic cyanobacterial proliferations that can form thick biofilms fixed on the riverbed of certain rivers. While planktonic cyanobacterial blooms have been the subject of numerous studies, mainly due to their detrimental effects on the ecosystems and the limitations of their use that they can cause, only a limited number of works have focused on benthic cyanobacterial proliferations. Therefore, the data acquired during this thesis involves, a fundamental approach for knowledge acquisition on microbial composition and periphytic biofilms ecology, with a particular interest on benthic cyanobacterial proliferations and an applied approach concerning strategies and tools for the monitoring of cyanobacterial biofilms on rivers in order to meet a request from water agencies and aquatic environmental managers. These works have relied on biofilm samples collected at two French Rivers, the Tarn and the Loue, and at nine New Zealand Rivers. The microbial communities within biofilms have been characterised by Next-Generation-Sequencing approaches targeting a fragment of the 16S and 18S small-subunit ribosomal RNA gene. Environmental data, which allowed describe the context in which biofilms develop, was also acquired.

The main results concerning the improvement on the knowledge of microbial communities and the ecology of river biofilms highlighted (i) the fundamental importance of certain factors such as water temperature on the seasonal evolution of all periphytic communities and the need to take into account the hydrological and geological context of sampling stations to understand these variations, (ii) the analysis of correlation between dominant OTU from phototrophic and heterotrophic communities showed positive interactions among certain of these OTU, for example on the framework of organic matter recycling and also showed negative interactions, in the case of light access competition between phototrophic bacteria and microalgae, and (iii) a geographical structure of microbial communities associated to cyanobacterial biofilms that seems to be mostly explained by local environmental context rather than distance per se . Regarding data acquisition aimed at improving monitoring and risk management of benthic cyanobacterial proliferations, our work showed the limitations of a new tool (spectrofluorometric probe) for the detection and quantification of benthic cyanobacteria and to propose sampling strategies to evaluate the importance of cyanobacterial biofilms in rivers. Finally, our results suggest that risk prevention linked to benthic cyanobacteria potentially toxic should essentially be based on providing information to users.

Soutenances de thèse

ALLAIN Thibault

Rôle des Bile Salt Hydrolases (BSH) des lactobacilles dans le contrôle de la Giardiose

Doctorat sous la codirection d’Isabelle FLORENT et de Luis BERMUDEZ  (INRA Micalis)

Thèse de Doctorat de l’Institut des Sciences et Industries du Vivant et de l’Environnement (AgroParisTech), Spécialité : microbiologie, soutenue le 22 mars 2016 à Jouy-en-Josas (Institut Micalis, INRA)

Jury

• Dr. Jean-Pierre GRILL, Maître de Conférences, UPMC (Rapporteu)
• Dr. Eric VISCOGLIOSI, Directeur de Recherche, Institut Pasteur de Lille (Rapporteur)
• Pr. André BURET, Professeur, University of Calgary (Examinateur)
• Dr. Yves LE LOIR, Directeur de Recherche, INRA Agrocampus Ouest (Examinateur)
• Dr. Luis BERMUDEZ, Directeur de Recherche, INRA Jouy-en-Josas (Directeur de thèse)
• Pr. Isabelle FLORENT, Professeur, Muséum National d’Histoire Naturelle (Co-Directrice de thèse)
• M. Armel GUYONVARCH, Professeur, Université Paris-Sud (Examinateur)
• M. Bruno POLACK, Maitre de Conférences, Ecole Nationale Vétérinaire d’Alfort (Invité)

Résumé :

Giardia duodenalis est le protozoaire responsable de la giardiose, la parasitose intestinale la plus répandue dans le monde. Cette infection se caractérise par une malabsorption intestinale, des diarrhées, une perte de poids et des douleurs abdominales intenses chez l’Homme et de nombreux mammifères. Par ailleurs, cette maladie dont l’impact en santé publique et vétérinaire est reconnu, peut entraîner d’importantes déficiences nutritionnelles en particulier chez les sujets jeunes. L’infection est causée par l’ingestion de kystes de Giardia duodenalis (syn. G. lamblia, G. intestinalis) présents dans les aliments ou l’eau contaminée. Infectieux à très faibles doses, ces kystes survivent pendant plusieurs semaines dans l’environnement et sont résistants aux différents désinfectants. Suite au dékystement, la forme végétative de Giardia, le trophozoïte, adhère à l’épithélium intestinal au niveau des parties supérieures de l’intestin grêle et se multiplie, causant les symptômes. Cette phase se termine par un nouvel enkystement et l’excrétion de kystes par les fèces. Le nombre croissant d’infections liées à la contamination de l’eau potable, à l’émergence de souches résistantes aux médicaments disponibles, à la fréquence des échecs thérapeutiques et à l’importance des effets secondaires associés aux traitements font de cette maladie un sujet d’actualité de plus en plus préoccupant qui nécessite le développement de traitements alternatifs.

Il est désormais bien établi que le microbiote et/ou certaines souches de bactéries probiotiques ont un impact bénéfique dans la giardiose. En particulier, la bactérie probiotique Lactobacillus johnsonii La1 (LjLa1) a un rôle protecteur contre la croissance de Giardia in vitro et in vivo. Nous avons cherché dans ce travail de Thèse à décrypter les mécanismes moléculaires associés à l’effet inhibiteur des facteurs sécrétés par LjLa1. Nous avons montré qu’in vitro, LjLa1 agissait en libérant des enzymes de type Bile Salt Hydrolases (BSH) qui modifient alors des composants de la bile non-toxiques pour le parasite (sels biliaires conjugués) en des composants toxiques (sels biliaires déconjugués). Les 3 gènes BSH codés dans le génome de LjLa1 ont été clonés chez Escherichia coli et les protéines taguées histidine purifiées pour étudier leurs propriétés biochimiques et biologiques. Obtenues sous forme active, nous avons pu en définir les spécificités de substrats et montrer qu’elles sont capables d’inhiber significativement la croissance de G. duodenalis in vitro et in vivo, dans un modèle murin de la giardiose (souriceaux OF1 non sevrés). En parallèle, nous avons identifié, à l’issue d’un large criblage de souches de lactobacilles selon leur activité anti-Giardia in vitro, une souche probiotique aux effets inhibiteurs comparables à ceux de LjLa1 : Lactobacillus gasseri CNCM-4884. Administrée in vivo dans le modèle murin de la giardiose, cette souche a réduit de 93% la charge parasitaire dans l'intestin grêle des nouveaux nés et a également réduit de façon significative le nombre de kystes libérés dans l’environnement, permettant ainsi de réduire la transmission de Giardia. Des travaux parallèles ont été réalisés au cours de ce projet de Thèse, notamment le développement d’outils de moléculaire pour l’expression hétérologue de molécules d’intérêt en santé animale chez divers lactobacilles. Le développement de ces « vecteurs mucosaux » permettra à terme de proposer une stratégie de surexpression de BSH par les lactobacilles afin d’accroitre l’activité BSH in vivo, et renforcer ainsi l’élimination du parasite.

Ces résultats permettent de proposer de nouvelles pistes thérapeutiques originales contre les giardioses humaines et animales, basées sur l’utilisation de lactobacilles probiotiques ou sur les activités BSH qui en sont dérivées. Ces traitements offrent alors une alternative sérieuse aux antibiotiques et permettront de pallier aux actuels fréquents échecs thérapeutiques.

Soutenances de thèse

LEFOULON Emilie

Evolution of association Wolbachia and Onchocercidae

Doctorat sous la direction de Coralie MARTIN

Soutenance le 25 SEPTEMBRE 2015 à 14h au MUSEUM (63 rue Buffon, salle des collections) devant le jury composé de :

• CABARET Jacques (Directeur de Recherche, INRA val de Loire, France (Rapporteur)) Babayan Simon (Equivalent Chargé de Recherche, Université de Glasgow, Royaume-Uni, (Rapporteur))
• BONNAUD-PONTICELLI Laure (Professeur, MNHN, France (Examinateur))
• D'HAESE Cyrille (Chargé de Recherche, CNRS MNHN, France (Examinateur))
• GAVOTTE Laurent (Maître de conférences, Université Montpellier 2, France (Examinateur))
• MAKEPEACE Benjamin (Équivalent Professeur, Université de Liverpool, Royaume-Uni (Examinateur))

Soutenances de thèse

BEAUVAIS Cléa

Diversité chimique et bactéries associées à S. officinalis, une éponge marine accumulatrice de métaux.

Doctorat sous la direction de Séverine Zirah et Marie-Lise Bourguet-Kondracki

Soutenance le 04 mars 2015

Soutenances de thèse

MALOUFI Selma

Diversité du phytoplancton et dominance des cyanobactéries : réponse aux pressions anthropiques en milieu périurbain.

Doctorat sous la direction de Cécile Bernard et Marc Troussellier

Soutenance le 16 DECEMBRE 2014 à 14h30 au MUSEUM (Amphi Rouelle) devant le jury composé de :

• JARDILIER Ludwig(Maître de conférence, Université Paris-Sud 11, France (Rapporteur))
• TEN-HAGE Loïc (Maître de conférence, Université Paul Sabatier, France (Rapporteur))
• LEGENDRE Pierre, Professeur, Université de Montréal, Québec (Examinateur))
• LE GALL Line(Maître de conférence,  MNHN, France (Examinateur))
• BERNARD Cécile (Professeur, MNHN,  France  (Directeur de thèse))
• TROUSSELIER Marc (Directeur de recherche CNRS, Université de Montpellier II, France (Co-Directeur de thèse))

Soutenances de thèse

HUET Hélène

Etude des effets d'efflorescences de cyanobactéries productrices de microcystines chez le poisson médaka : exposition par gavage, immunolocalisation et anatomopathologie.

Doctorat sous la direction de Marc Edery et Benjamin Marie

Soutenance le 18 SEPTEMBRE 2014 à 14h30 à l'ENVA (amphithéatre d'honneur) devant le jury composé de :

• CRESPEAU François (Président)
• KOLF-CLAUWMartine ( Rapporteur)
• LHOSTIS Monique(Rapporteur)
• HUMBERT Jean-François (Examinateur)
• EDERY Marc(Directeur de thèse)
• MARIE Benjamin (Directeur de thèse)

Soutenances de thèse

TRINCHET-HIRODY Isabelle

Effets toxicologiques de l'exposition chronique à des efflorecences de cyanobactéries productrices de microcystines sur les poissons d'eau douce : Etude anatomo-pathologique.

Doctorat sous la direction de Marc Edery et Benjamin Marie

Soutenance le 10 JUIN 2014à 14h30 devant le jury composé de :

• Pr GOYFFON Max (Président)
• Pr CRESPEAU François (Rapporteur)
• Dr COUSIN Xavier (Rapporteur)
• Pr ZOL Marianne (Examinateur)
• Dr EDERY Marc (Directeur de thèse)
• Dr MARIE Benjamin (Directeur de thèse)

Soutenance d’habilitation à diriger des recherches

QUIBLIER Catherine

Proliférations de cyanobactéries et production de cyanotoxines en milieux aquatiques continentaux.

HDR de l'Université Paris Diderot

Soutenue le 28 mars 2014

Soutenances de thèse

LI Xu-Wen

BIO-INSPIRED FORMAL SYNTHESIS OF THE ANTITUBERCULAR HIRSUTELLONES & BIOMIMETIC SYNTHETIC STUDIES TOWARD THE RESPIRATORY CHAIN INHIBITORS AURACHINS

Doctorat l'Université Pierre et Marie Curie (Paris 6, Ecole doctorale Iviv) sous la direction de Bastien NAY

Soutenance le 16 décembre 2013 à 14h30 devant le jury composé de :

• CAMPAGNE Jean-Marc (rapporteur, Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier)
• POUPON Erwan (rapporteur, Université Paris-Sud, Châtenay-Malabry)
• ZHU Jieping (examinateur, Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne, Suisse)
• THORIMBERT Serge (examinateur, UPMC)
• ARSENYADIS Stellios (examinateur, ESPCI Paris Tech), Dr. Bastien Nay (directeur de thèse, MNHN)

Soutenances de thèse

DUPONT Samuel

Soutenances de thèse

PAKORA Gilles-Alex

Biocontrôle de la pourriture brune du cacaoyer par trois isolats de Trichoderma, étude des métabolites secondaires actifs et de leur biotransformation

Doctorat l'Université Pierre et Marie Curie (Paris 6, Ecole doctorale Chimie Moléculaire) sous la direction de Didier Buisson et la co-direction de Daouda Kone

Soutenance le 30 septembre 2013 à 14h devant le jury composé de :

• BUISSON Didier (Chargé de recherches CNRS, Directeur de thèse)
• KONE Daouda (Professeur, Côte d'Ivoire ,Co-Directeur)
• MAMBU Angèle Lengo (Professeur, Rapporteur)
• BERTRAND Cédric (Maître de conférence, Rapporteur)
• JOLIVALT Claude Professeur , Examinateur)
• DUCAMP Michel (Chercheur CIRAD , Examinateur)
• NAY Bastien (Chargé de recherches CNRS, examinateur)

Soutenances de thèse

ABDELKAFI Hajer

SYNTHÈSE ASYMÉTRIQUE DU SYSTÈME POLYCYCLIQUE OXYGÉNÉ DU (+)-HARRINGTONOLIDE

Doctorat sous la direction de Bastien Nay.

Soutenance le 22 mars 2013 à 14h30 devant le jury composé de :

• BELMONT Philippe, Rapporteur (Univ. Paris 5)
• BLANCHARD Nicolas, Rapporteur (ENSCMu, Univ. Haute Alsace, Mulhouse)
• COSSY Janine, Examinateur (ESPCI, Paris)
• FESSARD Thomas, Examinateur (ETH, Zürich)
• POLI Giovanni, Examinateur (Univ. Pierre et Marie Curie, Paris)
• NAY Bastien, Directeur de thèse (MNHN, Paris)

Soutenances de thèse

DUCASSE Rémi

Etude structurale et fonctionnelle de peptides lasso à l'aide de méthodes spectroscopiques

Doctorat l'Université Pierre et Marie Curie (Paris 6, Ecole doctorale Iviv) sous la direction de Sylvie REBUFFAT

Soutenance le 29 octobre 2012

Soutenances de thèse

NDOYE Idrissa

Isolement et approche synthétique de produits naturels issus du champignon endophyte Paraconyothyrium variabile

Doctorat sous la direction de Cécile Bernard et Katia Comte.

Soutenance le 29 Février 2012 à 14h devant le jury composé de :

• LALLEMAND Marie-Christine
• LEWIN Guy
• THORIMBERT Serge
• NAY Bastien
• PRADO Soizic

Soutenances de thèse

TRAN THI DU Chi

Comparaison de la réponse de deux souches de Planktothrix agardhii (productrice de microcystine et son mutant non producteur de MC) aux stress environnementaux

Doctorat sous la direction de Cécile Bernard et Katia Comte.

Soutenance le 27 septembre 2012 à 14h devant le jury composé de :

• TROUSSOLLIERMarc
• MEJEAN Annick
• LEBOULANGER Christophe
• BOURGUET-KONDRACKI Marie-Lise
• BERNARD Cécile
• COMTE Katia

Soutenance d’habilitation à diriger des recherches

ZIRAH Séverine

Méthodes spectroscopiques pour la caractérisation structurale de biopolymères et l’ecologie chimique

HDR de l'Université Paris

Soutenance le 13 décembre 2012