Apport de grégarines marines à l’histoire évolutive des Apicomplexes et l’adaptation à la vie parasitaire
Ce sujet de thèse est proposé sous la direction de thèse d' Isabelle Florent (Isabelle.florent@mnhn.fr, UMR7245, Equipe PPL), en co-encadrement avec Loïc Ponger (UMR 7196 / INSERM U1154 équipe ARChE)
Descriptif du sujet de thèse et méthodes envisagées
Les Apicomplexa, eucaryotes unicellulaires représentant ~6.000 espèces, ont tous adopté un mode de vie parasitaire strict [1]. Ils comprennent des parasites intracellulaires de vertébrés se développant dans un à plusieurs hôtes, responsables de pathologies graves : paludisme, toxoplamose, cryptosporidioses. Leurs génomes ont été séquencés et font office de références pour la génomique comparative et la reconstruction de l'histoire évolutive des Apicomplexa. Ces parasites de vertébrés ne représentent cependant que la partie émergée de l'iceberg, les Apicomplexa comprenant aussi les grégarines, parasites d'une grande diversité d'hôtes non-vertébrés (polychètes, crustacés, insectes, ...) représentant ~40% de la biodiversité desApicomplexa [1,2]. Méconnues sur le plan génomique en raison de l'impossibilité actuelle de les cultiver, elles sont principalement extracellulaires, monoxènes et non pathogènes.
Récemment, deux protoapicomplexes photoautotrophes associés aux coraux, Vitrella et Chromera, ont été séquencés ; l'analyse comparative de leurs génomes avec les données sur Plasmodium, Toxoplasma et Cryptosporidium, a mis à jour des groupes de fonctions perdues (principalement) et acquises lors de transition vers le mode de vie parasitaire intracellulaire [3-5]. La vision de cette transition reste cependant incomplète en l'absence de données pour les grégarines, phylogénétiquement situées à la base de la spéciation des apicomplexes, les archigrégarines étant considérées comme ayant divergé le plus tôt [2].
Le laboratoire PPL s’est engagé depuis 2017 dans l’analyse –omique (génome, transcriptome) d’eugrégarines intestinales marine (Porospora gigantea) et terrestre (Gregarina acridiorum), en collaboration étroite avec la Cellule de Soutien de Bioinformatique du département AVIV (Evelyne Duvernois-Berthet et Dr. Loic Ponger) puis dans le cadre de la thèse de Julie Boisard (ED227, financement CNRS, 2018-2021). Ces travaux ont permis de développer des procédures performantes de genèse et d’analyse de ces données, malgré les difficultés intrinsèques aussi bien méthodologiques qu’analytiques.
1. Portman N, Slapeta J. Trends Parasitol, 2014. 30(2): p. 58-64.
2. Desportes I, Schrevel L. Brill, editor, 2013.
3. Janouskovec J et al., PNAS, 2015. 112(33): p. 10200-7.
4. Templeton TJ, Pain A. Parasitology, 2016, 143(1): p. 1-17.
5. Woo YH et al., Elife, 2015, 4: p. e06974
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