Bernard Charles

thèse en codirection entre UMR 7245 Biochimie des Interactions microbiennes (équipe BIM) et UMR 7205 Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (équipe AIRE Adaptation, Intégration, Réticulation et Évolution)

Activités de recherche

Mon travail consiste à étudier de façon systémique la communication et la défense des microorganismes à partir de séquences issues d'échantillons environnementaux (Metagénomique). Précisément, je développe des outils informatiques pour identifier des gènes liés à la communication et à la défense dans des génomes environnementaux, puis je compare ces gènes entre eux pour identifier lesquels sont similaires parmi des génomes distincts, ce qui me permet au final d'inférer quels microorganismes sont susceptibles de communiquer ou de se défendre pareillement au sein d'une communauté. De façon systématique, j'utilise cette information pour construire de grands réseaux (qui communique avec qui, qui écoute qui, qui manipule qui ou qui se défend comme qui etc...) dont l'analyse par des outils de théories des graphes permet d'appréhender le rôle de la communication et de la défense au sein de communautés environnementales microbiennes. Par ailleurs, une partie de mon travail consiste à caractériser les produits de synthèse de variants environnementaux de gènes de communication ou de défense car ils peuvent mener à la découverte de nouvelles molécules naturelles.