Le CNRS
Accueil CNRS
Autres sites CNRS
 
  Accueil > Productions scientifiques > Soutenances thèse/HDR
 
Par équipe
MDCEM
CBAF
APE
CCE


Soutenances de thèses et HDR

2017
 
SOUTENANCES DE THESE

Lia GIRAUD

L’ŒUVRE-PROCESSUS

Pratiques dialogiques entre biologique et technique, vers une écologie de l’œuvre

 

Doctorat sous la direction de Samuel BIANCHINI  et Claude YÉPRÉMIAN
Soutenance le 12 decembre 2017 à 15h a L'ENSAD (31 rue d'ulm 75005 Paris)

Réservation demandée : lien

 


devant le jury composé de :


Michelle DEBAT, Université Paris 8, Rapporteure

Jean-Paul FOURMENTRAUX, Université Aix-Marseille, Rapporteur

Geneviève ALMOUZNI, Institut Curie, Examinatrice

Perig PITROU, Collège de France, Examinateur

Ivan TOULOUSE, Université Rennes 2, Examinateur

Samuel BIANCHINI, École nationale supérieure des Arts Décoratifs, Directeur de thèse

Claude YÉPRÉMIAN, Muséum Nationale d'Histoire Naturelle, Encadrant de thèse


L’œuvre-processus est une thèse de recherche et création en art développée selon une double approche : pratique — concrétisée par la réalisation de projets et d’expériences — et réflexive — prenant la forme d’un travail écrit. La soutenance s’articulera autour d’une présentation de la recherche, suivie d’un échange avec le jury, et de l’exposition d’une sélection de travaux. 

Résumé

 

Comment la mise en œuvre de processus biologiques et techniques, dialoguant au sein d’un dispositif artistique, contribue t-elle « en pratique » à l’élaboration d’un « milieu associé » nécessaire dans notre contexte technoscientifique actuel ? 

 

Notre identité, qui se définit dans une double expérience biologique et culturelle du monde (E. Morin), semble aujourd’hui mise en tension par l’existence d’un « milieu dis-socié » (B. Stiegler) fragilisant l’élaboration individuelle et collective. Dans son approche du vivant et de la technique, le contexte technoscientifique actuel favorise ce sentiment de discontinuité : malgré une proximité physique grandissante, les opérations qui rassemblent ces deux entités semblent en effet occulter l’expérience sensible et significative qu’elles suscitent. S’appuyant sur une pratique personnelle, mise en regard d’un état de l’art, cette thèse d’artiste envisage de soigner cette relation, en la mettant « à l’œuvre » au cœur du dispositif artistique : le « médium » artistique sera envisagé comme un « milieu associé » (G. Simondon) capable de lier forme et structure, éléments naturels et techniques, expériences physique et psychique. 

 

Par sa qualité à concilier action, matérialité, perceptibilité et signification, l’approche artistique du processus s’offre comme hypothèse de recherche choisie : Les œuvres-processus instaurent ainsi un dialogue opératoire et significatif entre des processus vitaux et techniques, constituant un corpus d’œuvres et de projets interdisciplinaires dans lesquelles scientifiques, ingénieurs et artistes collaborent. Parmi eux, une expérience d’apprentissage épigénétique intitulée Éducation à la danse pour 8 plantes Télégraphe, une recherche autour des stromatholites qui explore le caractère mythologique de la biominéralisation et l’esthétique du geste technique ; ou encore le Temporium, une sculpture-laboratoire créant des images vivantes et qui cristallise plusieurs aspects de ce travail de recherche : le passage de la recherche à l’œuvre, les contraintes d’un matériau vivant, le double défi technique et esthétique du projet et l’autonomie de l’œuvre en exposition. La description et l’analyse de cette recherche « par la pratique » serviront de terreau pour répondre à notre problématique, sous une forme plus théorique, abordant autant les enjeux esthétiques de l’œuvre-processus que les potentiels du contexte de recherche en art qui accompagne sa création. 

 

Par son esthétique du devenir, sa qualité de milieu physico-symbolique, l’œuvre-processus déploie une activité relationnelle qui contribue non-seulement à une expérience esthétique associante, mais ouvre aussi le lieu d’exposition à un nouveau rôle sociétal. Si elle apparaît initialement comme une contrainte, la technicité de l’oeuvre-processus pourra être source d’individuation pour son praticien. Cette dimension instrumentale ouvre également des pistes de valorisation hors du champ artistique, aidée par le caractère interdisciplinaire des projets. Sur un plan plus immatériel, cet écosystème de recherche pluriel contribue aussi à l’expression d’une « singularité collective » et à l’élaboration d’une « fabrique du commun ». Néanmoins ponctuée d’échecs, cette recherche pointe ses fragilités en révélant certaines limites de l’artiste-chercheur face aux contraintes du milieu artistique actuel. 

 

Ce constat nous mènera à prendre en compte l’ « écologie » de ce projet, l’œuvre-processus apparaissant comme un support privilégié pour la création d’un système, visant à travailler ensemble les dimensions mentales, environnementales et sociales qui caractérisent l’expérience humaine.

 
2016
 
SOUTENANCES DE THESE

Qin QIAO

Effets reprotoxiques des microcystines et des métabolites secondaires produits par les cyanobacteries du genre Microcystis chez le poisson médaka adulte

Doctorat sous la direction de Cécile BERNARD et Benjamin MARIE
Soutenance le 16 decembre 2016 à 14h au MUSEUM (63 rue buffon,salle des collections )
devant le jury composé de :


Claudia Wiegand , Professeur (Rapporteur)

Valérie Fessard , Directeur de Recherche (Rapporteur)

Bláha Ludek , Professeur (Examinateur)

Xuezhen Zhang , Professeur (Examinateur)

Cécile Bernard , Professeur (Directrice de thèse)

Benjamin Marie , Chargé de Recherche (Co-directeur de thèse)


Summary:  

The study was conducted to investigate the potential reproductive toxicity of MC-LR and the mixture of secondary metabolites produced by MC-producing Microcystis in adult medaka fish with one acute and one chronic investigation. An investigation of the metabolic specificities of the liver in two genders of medaka fish was performed in prior to the cyanotoxin exposure.

The metabolic specificities of the liver in adult medaka fish were investigated by using histological, metabolomic, proteomic and transcriptomic approaches, which attested to a strong sexual dimorphism that concerned various cellular and molecular processes of hepatocytes. The histological observation clearly showed differences of reserve vesicle within hepatocytes between female (large isolated reserve vesicles) and male (more diffuse small vesicle) fish. Metabolomic investigation detected and quantified 237 potential metabolites in the medaka liver. Fifty-nine metabolites are over-represented in females, and 103 appear to be over-represented in males. Female-enriched metabolomes are implicated in some saccharide and amino acid metabolic processes, whereas male-enriched metabolomes exhibit signatures of steroid hormone biosynthesis and energy (TCA, nitrogen) processes, when the common metabolite set is more relevant to other amino acid and saccharide metabolism. Proteomic analysis identified and quantified 1241 proteins in the medaka liver. Twenty-five and one hundred twenty-five proteins are significantly over-represented in males and females, respectively ( | FC | >3 and p <0.01). Female-biased proteins are significantly related to tRNA and nucleotide sugar metabolism, whereas male-biased proteins are related to bile and amino acid metabolisms, and common proteins to other TCA, sugar, lipid and amino acid metabolisms. Transcriptomic study revealed 375 and 147 significantly enriched transcripts in females and males, respectively (|FC|>4 and p <0.001). The strong sex-biases of transcripts testify to the intensity of the female liver efforts for the gene expression and the synthesis of the oocyte precursor proteins, and the involvement of the male liver in steroid hormone and metabolism processes.

In the acute investigation, adult medaka fish were administered with 10 µg.g -1 bw of pure MC-LR for 1 hour by gavage. The histological examination and immunolocalization of the MC-treated fish liver revealed a severe liver lesion along with an intense distribution of MC-LR in the liver, being particularly localized in the cytoplasm and nucleus of hepatocytes. In the goand of MC-treated fish, MC-LR was shown to be present in the connective tissue of ovary and testis. Additionally, immunogold electron microscopy, for the first time, revealed that MC-LR was also localized in the chorion, cytoplasm and yolk vesicles of oocytes.

In the chronic study, adult medaka fish were chronically exposed to 1 and 5 µg.L -1 microcystin-LR (MC-LR) and to the extract of MC-producing Microcystis aeruginosa PCC 7820 (5 µg.L -1 of equivalent MC-LR) by balneation for 28 days. The results revealed that both MC-LR and the Microcystis extract exert adverse effects on reproductive parameters including fecundity and egg hatchability. The main cause of the observed reproduction impairment is believed to be the overall liver dysfunction induced by MC-containing treatments, rather than their directly deleterious effects on gonad. The histological observation indicated that hepatocytes of female fish under toxin treatments present noticeable glycogen storage loss along with severe cellular damages. The quantitative proteomics analysis revealed that the quantities of 225 hepatic proteins are dysregulated under the three toxic treatments. In particular, a notable decrease in protein quantities of vitellogenin and choriogenin was observed, which could explain the decrease in reproductive output. In addition, our toxin treatments do not induce any characteristic estrogenic effects. Liver transcriptome analysis through Illumina RNA-seq reveals that over 100 to 400 genes are differentially expressed under 5 µg.L -1 MC-LR and Microcystis extract treatments, respectively. Ingenuity pathway analysis of the omics data attests that various metabolic pathways, such as energy production, protein biosynthesis and lipid metabolism, are disturbed by both MC-LR and the Microcystis extract, which could be provoking the observed reproductive impairment. The transcriptomics analysis also constitutes the first report of the impairment of hepatic circadian-rhythm-related genes induced by MCs. This study contributes to a better understanding of the potential consequences of chronic exposure of fish to environmental concentrations of cyanotoxins, suggesting that Microcystis extract could impact a wider range of biological pathways, compared with pure MC-LR, and even 1µg.L -1 MC-LR potentially induces a health risk for aquatic organisms.

 
SOUTENANCES DE THESE

Séverine LE MANACH

Diversité des métabolites secondaires produits par les cyanobactéries et leurs effets écotoxicologiques chez le poisson médaka

Doctorat sous la direction de Benjamin MARIE et Séverine ZIRAH
Soutenance le 06 decembre 2016 à 14h au MUSEUM (Amphi rouelle)
devant le jury composé de :


BERNARD Cécile, Professeur (Président)

MARIE Benjamin, Chargé de Recherche (Directeur de thèse)

ZIRAH Séverine, Maître de Conférence (Directeur de thèse)

HEGARET Hélène, Chargé de Recherche (Rapporteur)

GONZALEZ Patrice, Chargé de Recherche (Rapporteur)

VASCONCELOS Vitor, Professeur (Examinateur)

VINH Joëlle, Directeur de Recherche (Examinateur)

GEFFARD Olivier, Chargé de Recherche (Examinateur)


Résumé :
Depuis plusieurs décennies, les évènements d’efflorescences de cyanobactéries n’ont cessé d’augmenter en raison de l’eutrophisation exacerbée des milieux aquatiques et des changements climatiques globaux. Dans les eaux douces, le genre Microcystis est le plus fréquemment rencontré lors des épisodes d’efflorescences de cyanobactéries. Elles sont capables de produire une grande diversité de métabolites secondaires potentiellement toxiques, y compris les microcystines (MCs) qui sont les cyanotoxines les plus souvent rencontrées. Dans ce contexte, les travaux de ma thèse se sont intéressés à la diversité chimique associée aux cyanobactéries du genre Microcystis ainsi qu’à l’étude de leurs effets écotoxicologiques sur le poisson modèle médaka (Oryzias latipes).
Les objectifs principaux ont été traités d’une part à travers l’élaboration d’une base de données via une étude bibliographique, comprenant environ 700 métabolites secondaires produits par les cyanobactéries d’eaux douces et par une approche globale de comparaison de la diversité chimique de 24 souches de cyanobactéries du genre Microcystis. D’autre part, compte tenu de la complexité associée aux organismes étudiés, nous avons dans un premier temps évalué le potentiel toxique d’extraits complexes de cyanobactéries aux chemotypes distincts vis à vis du poisson médaka de façon chronique (28 jours). Ensuite, les poissons ont été exposés à des cultures de clones de Microcystis producteurs ou non producteurs de MCs durant 21 jours en microcosmes et durant 4 jours en mésocosmes.
Les résultats acquis décrivent une grande diversité de composés principalement oligopeptidiques potentiellement bioactifs produits par le genre Microcystis. D’une façon générale on a pu observer des réponses distinctes entre les femelles et mâles médaka exposés aux différents traitements de cyanobactéries.
Les extraits contenants des MCs ont induits des dommages hépatocellulaires conséquents et les analyses de protéomiques et métabolomiques ont mis en évidence des dérégulations de protéines impliquées notamment dans la régulation de l’homéostasie et divers processus métaboliques. Nos résultats des expositions aux cellules vivantes montrent que les clones producteurs mais également non producteurs de MCs induisent des dommages hépatocellulaires et la dérégulation de voies moléculaires principalement impliquées dans la production d’énergie, la régulation de l’homéostasie et le métabolisme des stéroïdes.
Par la combinaison d’approches « omiques » et histopathologiques, ce travail de thèse montre pour la première fois d’importants disfonctionnements du métabolisme hépatique associés à une toxicité cellulaire issu de l’exposition à divers clones de Microcystis. Ces résultats suggèrent également que l’exposition à des cyanobactéries dans l’environnement puisse à terme être responsable de perturbations de la reproduction de certaines espèces de poissons. Par ailleurs, ces résultats mettent en avant que des métabolites délétères autres que les MCs sont produits par les cyanobactéries et qu’il est important dans l’évaluation des risques environnementaux de prendre en considération la complexité métabolique des cyanobactéries plutôt que l’effet d’une seule cyanotoxine.

Abstract :
Over the past few decades, massive cyanobacterial blooms have been increasing due to the interactive effects of eutrophication and climate change. In freshwater, the cyanobacterium Microcystis is an important bloom-forming and toxin producing genus. Microcystis is known to produce a large proportion of secondary metabolites potentially toxic, comprising the well known microcystin cyanotoxins (MCs) that have attracted more attention due to their worldwide distribution. In this general context, my thesis focuses on the diversity of Microcystis natural products and their ecotoxicological effects on medaka fish (Oryzias latipes).
The main objectives were on the one hand investigated through the establishment of a database of above 700 secondary metabolites produced by freshwater cyanobacteria and a global comparison of the chemical diversity of 24 Microcystis strains. On the other hand, given the complexity related to the organisms, we initially assessed the toxic potential of complex cyanobacterial extracts exhibiting various chemotypes on medaka fish chronically exposed (28 days). Then medaka fish were exposed to MCs-producing and non-MCproducing living strains for 21 days in microcosms and for 4 days in mesocosms.
Our results described a high diversity of potentially bioactive compounds which are mainly oligopeptide classes produced by Microcystis genus. Overall, sex-dependent responses were observed after all cyanobacterial treatments. Complex extract containing MCs induced clear hepatocellular damages and both proteomics and metabolomics analyses highlighted differential expression of proteins involved in the regulation of homeostasis and various other metabolic processes. Our results of the living strains exposure revealed that both non-MC and MC-producing strains were able to induce hepatocellular damages and dysregulations of molecular pathways involved in energy production, regulation of homeostasis and steroids metabolism.
Altogether, this combination of histological and molecular approaches exhibit the cellular impairments associated with clear biological disruptions in the liver as a result of Microcystis exposures. In addition these results suggest that, in natural environment, cyanobacterial exposition may ultimately impact the reproduction process of some species. Furthermore, these results highlight that deleterious metabolites, other than MCs, are produced by cyanobacteria such as Microcystis and the importance of considering cyanobacterial cells as a
whole to assess the realistic environmental risk of cyanobacteria on fish.
 
SOUTENANCES DE THESE

Isidora ECHENIQUE

Mieux comprendre les conditions de développement et la biodiversité microbienne des biofilms en rivières pour mieux les surveiller - Cas particulier des biofilms à Cyanobactéries

Doctorat sous la direction de Catherine QUIBLIER et Jean-François HUMBERT
Soutenance le 19 avril 2016 à 14h au MUSEUM (Amphi rouelle)
devant le jury composé de :
Beatrice Lauga, Professeur (Rapporteur)

Purificación López-García, Directeur de Recherche (Rapporteur)

Christophe Beloin, Directeur de Recherche (Examinateur)

Elvira Perona, Professeur (Examinateur)

Guennadi Sezonov, Professeur (Président)

Jean-François Humbert, Directeur de Recherche (Directeur de thèse)

Catherine Quiblier, Maître de conférences (Co-directrice de thèse)


Résumé :

Dans un contexte général de dégradation de nombreux écosystèmes aquatiques, les travaux de ma thèse se sont intéressés à la problématique des proliférations de cyanobactéries benthiques potentiellement toxiques qui peuvent former des biofilms épais sur le fond de certaines rivières. Alors que les proliférations de cyanobactéries planctoniques ont fait l’objet de nombreuses études, notamment en raison de leurs effets néfastes sur les écosystèmes et des limitations de leurs usages qu’elles provoquent, seul un nombre très restreint de travaux s’est intéressé aux proliférations de cyanobactéries benthiques. Partant de ce constat, les données acquises au cours de cette thèse se sont inscrits à la fois dans une démarche fondamentale d’acquisition de connaissances sur la composition microbienne et l’écologie des biofilms périphytiques, avec un regard particulier sur les proliférations de cyanobactéries benthiques en rivières, et dans une démarche plus appliquée sur les stratégies et outils pour la surveillance des biofilms à cyanobactéries dans les rivières afin de répondre à une demande des Agences de l’Eau et des gestionnaires de milieux aquatiques. Ces travaux ont reposé sur des prélèvements de biofilms dans deux rivières Françaises, le Tarn et la Loue, et dans neuf rivières Néo-Zélandaises. Les communautés microbiennes au sein des biofilms ont été caractérisées par des approches de séquençage à haut débit ciblant un fragment du gène de la petite sous-unité de l’ARN ribosomal 16S et 18S. Des données environnementales permettant de décrire le contexte dans lequel les biofilms se sont développés ont été également acquises. Les résultats principaux permettant une amélioration des connaissances sur les communautés microbiennes et l’écologie des biofilms de rivières se rapportent à la mise en évidence (i) de l’importance fondamentale de certains facteurs comme la température de l’eau sur l’évolution saisonnière de l’ensemble des communautés périphytiques et de la nécessité de prendre en compte les contextes hydrologique et géologique des stations de prélèvements pour comprendre ces variations, (ii) par l’analyse des corrélations entre les OTU dominantes des communautés phototrophes et hétérotrophes, d’interactions positives entre certaines de ces OTU, par exemple dans le cadre du recyclage de la matière organique ou d’interactions négatives, par exemple dans le cas des compétitions pour l’accès à la lumière entre bactéries et micro-algues phototrophes et (iii) d’une structuration géographique des communautés bactériennes associées aux biofilms à cyanobactéries qui semble plus s’expliquer par le contexte environnemental local des biofilms que par leur éloignement par la distance. Concernant les données acquises lors de cette thèse pour améliorer la surveillance et la gestion des risques liés aux proliférations de cyanobactéries benthiques, nos travaux ont permis de montrer les limites d’un nouvel outil (sonde spectrofluorimétrique) pour la détection et la quantification des cyanobactéries benthiques et de proposer des stratégies d’échantillonnage pour évaluer l’importance des biofilms à cyanobactéries en rivières. Finalement, nos résultats suggèrent que la prévention des risques liés aux cyanobactéries benthiques potentiellement toxiques devrait essentiellement reposer sur l’information des usagers.

Summary :
In a general context of aquatic ecosystems degradation, my thesis focuses on the issue of potentially toxic benthic cyanobacterial proliferations that can form thick biofilms fixed on the riverbed of certain rivers. While planktonic cyanobacterial blooms have been the subject of numerous studies, mainly due to their detrimental effects on the ecosystems and the limitations of their use that they can cause, only a limited number of works have focused on benthic cyanobacterial proliferations. Therefore, the data acquired during this thesis involves, a fundamental approach for knowledge acquisition on microbial composition and periphytic biofilms ecology, with a particular interest on benthic cyanobacterial proliferations and an applied approach concerning strategies and tools for the monitoring of cyanobacterial biofilms on rivers in order to meet a request from water agencies and aquatic environmental managers. These works have relied on biofilm samples collected at two French Rivers, the Tarn and the Loue, and at nine New Zealand Rivers. The microbial communities within biofilms have been characterised by Next-Generation-Sequencing approaches targeting a fragment of the 16S and 18S small-subunit ribosomal RNA gene. Environmental data, which allowed describe the context in which biofilms develop, was also acquired.

The main results concerning the improvement on the knowledge of microbial communities and the ecology of river biofilms highlighted (i) the fundamental importance of certain factors such as water temperature on the seasonal evolution of all periphytic communities and the need to take into account the hydrological and geological context of sampling stations to understand these variations, (ii) the analysis of correlation between dominant OTU from phototrophic and heterotrophic communities showed positive interactions among certain of these OTU, for example on the framework of organic matter recycling and also showed negative interactions, in the case of light access competition between phototrophic bacteria and microalgae, and (iii) a geographical structure of microbial communities associated to cyanobacterial biofilms that seems to be mostly explained by local environmental context rather than distance per se . Regarding data acquisition aimed at improving monitoring and risk management of benthic cyanobacterial proliferations, our work showed the limitations of a new tool (spectrofluorometric probe) for the detection and quantification of benthic cyanobacteria and to propose sampling strategies to evaluate the importance of cyanobacterial biofilms in rivers. Finally, our results suggest that risk prevention linked to benthic cyanobacteria potentially toxic should essentially be based on providing information to users.
 
2015
 
SOUTENANCES DE THESE

Emilie LEFOULON

Evolution of association Wolbachia and Onchocercidae

Doctorat sous la direction de Coralie MARTIN
Soutenance le 25 SEPTEMBRE 2015 à 14h au MUSEUM (63 rue Buffon, salle des collections)
devant le jury composé de :
Cabaret Jacques, Directeur de Recherche, INRA val de Loire, France (Rapporteur)
Babayan Simon, Équivalent Chargé de Recherché, Université de Glasgow, Royaume-Uni, (Rapporteur)
Bonnaud-Ponticelli Laure, Professeur, MNHN, France (Examinateur)
D'Haese Cyrille, Chargé de Recherche, CNRS MNHN, France (Examinateur)
Gavotte Laurent, Maître de conférences, Université Montpellier 2, France (Examinateur)
Makepeace Benjamin, Équivalent Professeur, Université de Liverpool, Royaume-Uni (Examinateur)


Résumé :
Les bactéries intracellulaires du genre Wolbachia sont particulièrement intéressantes comme modèle de symbiose du fait de leur large spectre d'hôte incluant des arthropodes et des nématodes Onchocercidae. Elles induisent une large gamme de phénotypes sur leurs hôtes, variant d'une présence obligatoire pour la survie et la reproduction à un parasitisme de la reproduction de l'hôte. L'infection est instable avec des événements de transmission horizontale chez les arthropodes. A l'inverse, il semble y avoir coévolution avec les Onchocercidae. Dans ce travail de thèse, une analyse phylogénétique basée sur 7 gènes a été développée pour un large échantillonnage d'Onchocercidae. L'occurrence de l'infection par Wolbachia au sein des Onchocercidae a pu être réévaluée. Les analyses effectuées indiquent une coévolution globale entre les partenaires, mais avec de multiples événements d'acquisition. L'étude tente de tirer parti de cette coévolution pour évaluer l'origine de l'infection.

Summary :
The intracellular bacteria Wolbachia are particularly interesting as symbiosis model due to their large range of host species including arthropods species and Onchocercidae nematodes. These bacteria induce a wide range of phenotypes on its hosts varying from an obligation for hosts survive or reproduction to a host reproduction parasitism. Infection is unstable with horizontal transmission events in arthropods. Conversely, there seems to be co-evolutionary history in Onchocercidae nematodes. A phylogenetic analysis based on 7 markers for a large sampling of Onchocercidae. This new sampling permits us to reassess occurrence of Wolbachia infection among Onchocercidae lineage to put ubiquity of this latter into perspective. The updated genetic data from hosts and bacteria indicates global coevolution with multiple acquisition events in nematodes evolutionary history. The study attempts to take advantage of this global coevolution to evaluate the most parsimonious scenario of origin.

 
2014
 
SOUTENANCES DE THESE

Selma MALOUFI

Diversite´ du phytoplancton et dominance des cyanobacte´ries : re´ponse aux pressions anthropiques en milieu pe´riurbain.

Doctorat sous la direction de Cécile Bernard et Marc Troussellier


Soutenance le 16 DECEMBRE 2014 à 14h30 au MUSEUM (Amphi Rouelle)
devant le jury composé de :

Ludwig Jardilier , Maître de confe´rence, Universite´ Paris-Sud 11, France (Rapporteur)

Loi¨c Ten-Hage , Maître de confe´rence, Universite´ Paul Sabatier, France (Rapporteur)

Pierre Legendre , Professeur, Universite´ de Montre´al, Que´bec (Examinateur)

Line Le Gall , Maître de confe´rence,  MNHN, France (Examinateur)

Cécile Bernard , Professeur, MNHN,  France  (Directeur de thèse)

Marc Troussellier , Directeur de recherche CNRS, Université de Montpellier II, France (Co-Directeur de thèse)



Résumé

A l'échelle globale, les communautés phytoplanctoniques contribuent à environ 50% de la fixation du carbone atmosphérique et jouent ainsi un ro^le central dans les cycles biogéochimiques. En tant que maillon essentiel des chaînes trophiques, ces organismes sont également à la base du fonctionnement des écosystèmes aquatiques. Cependant très peu d'e´tudes ont été consacrées à l'étude des patrons biogéographiques des ces microorganismes, alors me^me que de telles approches sont susceptibles d'ame´liorer notre compre´hension des syste`mes aquatiques et de leurs re´ponse face aux changements globaux. Dans ce contexte, cette the`se s'est inte´resse´e a` l'e´tude de la bioge´ographie du phytoplancton au sein d'une re´gion fortement anthropise´e : la re´gion Ile-de-France. Cette re´gion est caracte´rise´e par de fortes pressions anthropiques issues d'une intense urbanisation mais e´galement de zones d'activite´s agricoles intensives, ge´ne´rant ainsi de forts gradients environnementaux a` l'e´chelle des bassins versants des plans d'eau. Ces pressions anthropiques associe´s aux caracte´ristiques des plans d'eau (i.e. peu profond, faible taille) conduit a` l'observation fre´quente d'efflorescences a` cyanobacte´ries au sein de cette re´gion. Les travaux pre´sente´s dans le cadre de cette the`se se sont organise´s autour de trois objectifs principaux : - (i) caracte´riser la diversite´ du phytoplancton a` une e´chelle locale (i.e. diversite´- a ), entre les sites (i.e. diversite´- ß ) et a` l'e´chelle de la re´gion (i.e. diversite´- ? ), - (ii) identifier les processus et facteurs de contro^le implique´s dans la distribution des communaute´s phytoplanctoniques via des approches de mode´lisation, - (iii) e´valuer l'impact de la dominance des communaute´s des cyanobacte´ries sur la diversite´ des communaute´s phytoplanctoniques. Afin d'e´valuer la variabilite´ inter-annuelle et inter-saisonnie`re des patrons de diversite´ du phytoplancton, trois campagnes d'e´chantillonnage ont e´te´ re´alise´es sur 50 plans d'eau de la re´gion: 2 campagnes estivales (e´te´ 2006 et 2011) et une campagne d'hiver (2007).  Suite a` l'analyse des e´chantillons re´colte´s, nous avons pu montrer que la re´gion IDF pre´sente une forte diversite´ re´gionale ( ?  = 676 taxons) et que celle-ci a` pour origine une extre^me he´te´roge´ne´ite´ entre les sites échantillonnés  ( ß  > 90%). A l'e´chelle de la re´gion, nous avons pu mettre en e´vidence que les patrons de distributions observe´s ne pouvaient s'expliquer par une distribution ale´atoire des espe`ces, mais que l'he´te´roge´ne´ite´ environnementale entre les sites conduisait a` observer des communaute´s phytoplanctoniques distinctes, sugge´rant ainsi l'occurrence de me´canismes filtres environnementaux contro^lant la composition de ces communaute´s. A l'e´chelle locale, nous avons pu montrer que des tempe´ratures mais e´galement la limitations en ressources ( e.g.  P, lumie`re) favorisait une forte richesse spe´cifique. Enfin, nous avons pu mettre en e´vidence que, contrairement aux autres classes phytoplanctoniques (i.e. Chlorophyce´es, Bacillariophyce´es, Eugle´nophyce´es), la dominance des communaute´s par les cyanobacte´ries avait pour conse´quence de re´duire fortement la richesse des communaute´s phytoplanctoniques. Nous avons e´mis l'hypothe`se que cet effet sur la richesse pouvait provenir de me´canismes de compe´tition/exclusion spe´cifique aux cyanobacte´ries en raison de leurs capacite´s compe´titives (fixation du N, assimilation du CO 2  etc.).

 

Hélène HUET

Etude des effets d'efflorescences de cyanobactéries productrices de microcystines chez le poisson médaka : exposition par gavage, immunolocalisation et anatomopathologie.

Doctorat sous la direction de Marc Edery et Benjamin Marie .

Soutenance le 18 SEPTEMBRE 2014 à 14h30 à l'ENVA (amphitheatre d'honneur)
devant le jury composé de :

M. François Crespeau, Président

Mme. Martine KOLF-CLAUW, rapporteur

Mme. Monique LHOSTIS, rapporteur

M. Jean-François HUMBERT, examinateur

M. Marc Edery, Directeur de thèse

M. Benjamin Marie, Directeur de thèse



Résumé

Les efflorescences à cyanobactéries toxiques posent de manière récurrente et croissante des problèmes environnementaux et sanitaires. Les toxines les plus souvent rencontrées sont les microcystines. Leur organe cible principal est le foie, cependant, d'autres organes comme l'intestin et le rein sont touchés. Ce travail a eu pour objectif la visualisation de la bioaccumulation des microcystines au moyen de techniques spécifiques et l'évaluation de leurs effets histologiques.

Le modèle animal choisi pour ces études a été le poisson médaka. Il présente l'avantage d'avoir un élevage facile et sa biologie est bien connue. De plus, il est un modèle couramment employé pour les études en milieu aquatique et environnemental. Le stade larvaire a été utilisé pour la mise au point des techniques immunohistochimiques et le stade adulte pour les effets des intoxications. La modalité d'intoxication choisie a été la voie alimentaire. Elle représente la voie de contamination la plus importante, nous avons ainsi procédé à des gavages. Les poissons ont été intoxiqués par la MC-LR et des extraits d'efflorescences avec une dose aiguë correspondant à 5 µg eq. MC-LR par poisson. Lors d'épisodes de prolifération d'efflorescences sur deux sites différents, La Grande Paroisse et Champs-sur-Marne, des échantillons ont été prélevés. Sur ces sites, dominaient respectivement des populations de Planktothrix agardhii et Microcystis aeruginosa . La bioaccumulation a été visualisée par immunomarquage sur coupe de paraffine en microcopie photonique. L'étude des effets a concerné l'anatomopathologie du foie, de l'intestin, du rein et des gonades en microscopie photonique. Une étude protéomique a concerné le foie.

Les résultats obtenus ont permis i) de visualiser la bioaccumulation des microcystines au niveau des différents organes grâce à l'immunomarquage et notamment des gonades mâles et femelles, ii) d'évaluer statistiquement les effets anatomopathologiques et de constater un tropisme des différents types toxiques vis-à-vis de certains organes, iii) de comparer nos résultats avec ceux obtenus lors des études chroniques, et iiii) de préciser le potentiel perturbateur endocrinien des microcystines.

 

Isabelle TRINCHET-HIRODY

Effets toxicologiques de l'exposition chronique à des efflorecences de cyanobactéries productrices de microcystines sur les poissons d'eau douce : Etude anatomo-pathologique.

Doctorat sous la direction de Marc Edery et Benjamin Marie .

Soutenance le 10 JUIN 2014à 14h30 devant le jury composé de :

Pr Max Goyffon Président

Pr François Crespeau, rapporteur

Dr Xavier Cousin, rapporteur

Pr Marianne Zol, examinateur

Dr Marc Edery, Directeur de thèse

Dr Benjamin Marie, Directeur de thèse



Résumé

Les microcystines sont des hépatotoxines fréquemment produites par les efflorescences de certains genres de cyanobactéries. Responsables de nombreux dommages tissulaires pouvant conduire au décès lors d'intoxications aiguës, leurs conséquences lors d'une intoxication chronique ont encore été peu étudiées. L'objectif de ce travail de thèse a été d'étudier l'impact d'une exposition chronique à des efflorescences de cyanobactéries productrices de microcystines sur les poissons d'eau douce.

Pour cela, dans un premier temps, le poisson médaka Oryzias latipes a été utilisé pour évaluer la toxicité des microcystines lors d'une exposition sub-chronique (1 à 2 mois) au laboratoire à de faibles concentrations fréquemment rencontrées dans le milieu aquatique. La microcystine-LR, qui est un des variants les plus toxiques, a été choisie pour ces expérimentations. Ces analyses ont porté d'abord sur l'observation des lésions histologiques après 1 mois d'exposition à une concentration de 5µg.L -1 de MC-LR. Puis, les effets à différentes doses (1 et 5µg.L -1 ) et différents pas de temps (14 et 28 jours) ont été étudiés afin de déterminer les lésions histologiques dues aux microcystines et leur évolution au cours de l'exposition ainsi que les variations de leur intensité. Les modifications de différents paramètres de reproduction à ces deux concentrations ont également été étudiées. Dans un deuxième temps, les effets toxiques liés à l'exposition chronique de poissons, dans l'environnement, à des efflorescences de cyanobactéries productrices de microcystines, ont été observés afin de les comparer aux résultats obtenus précédemment. Des poissons médakas ont ainsi été exposés pendant 1 mois in situ à une efflorescence naturelle productrice de microcystines afin de comparer l'intensité des effets constatés et le rôle éventuel des autres métabolites secondaires produits par les cyanobactéries dans le potentiel toxique d'une efflorescence. Puis, des poissons issus de l'environnement et exposés de manière naturelle à des efflorescences productrices de microcystines ont été étudiés afin de comparer les effets observés à ceux obtenus sur les médakas et d'en déduire un impact possible de ces efflorescences sur les populations de poissons.

Les résultats obtenus révèlent que d'une manière générale, l'ensemble des tissus sont sensibles aux microcystines avec des lyses cellulaires plus ou moins importantes ainsi qu'une réaction inflammatoire plus ou moins prononcée. Pour les gonades, nouvellement étudiées, des anomalies notables avec incidences possibles sur la fertilité ont été remarquées, d'ailleurs corrélées avec les modifications de certains paramètres de reproduction.

Les conséquences de cette toxicité sur les organes reproducteurs conduisent donc à s'interroger sur l'impact des efflorescences productrices de microcystines, sur la fécondité des populations de poissons et donc sur leur répercussion en termes de  biodiversité. De plus, les conséquences sur la santé humaine et la reproduction, via l'exposition par l'eau ou la consommation de chairs contaminées, ne doivent pas être négligées et nécessitent une évaluation plus poussée.

SOUTENANCE D'HABILITATION A DIRIGER DES RECHERCHES

Catherine Quiblier

Proliférations de cyanobactéries et production de cyanotoxines en milieux aquatiques continentaux.

HDR de l'Université Paris Diderot
Soutenue le 28 mars 2014
2013
 
SOUTENANCES DE THESE
 

Xu-Wen LI

BIO-INSPIRED FORMAL SYNTHESIS OF THE ANTITUBERCULAR HIRSUTELLONES
& BIOMIMETIC SYNTHETIC STUDIES TOWARD THE RESPIRATORY CHAIN INHIBITORS AURACHINS

Doctorat l'Université Pierre et Marie Curie (Paris 6, Ecole doctorale Iviv) sous la direction de Bastien NAY
Soutenance le 16 décembre 2013 à 14h30 devant le jury composé de Pr. Jean-Marc Campagne (rapporteur, Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier), Pr. Erwan Poupon (apporteur, Université Paris-Sud, Châtenay-Malabry), Pr. Jieping Zhu (examinateur, Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne, Suisse), Pr. Serge Thorimbert (examinateur, UPMC), Dr. Stellios Arseniyadis (examinateur, ESPCI Paris Tech), Dr. Bastien Nay (directeur de thèse, MNHN)

Résumé

Les hirsutellones sont des polycétides fongiques possédant une structure intéressante avec un noyau decahydrofluorène (tricycliques) et un macrocycle particulièrement contraint à 12- ou 13- chaînons. S'inspirant d'une hypothèse de biosynthèse sur le squelette des hirsutellones, nous avons envisagé une stratégie biomimétique pour la synthèse totale de l'hirsutellone B, par l'intermédiaire d'un précurseur polyinsaturé linéaire synthétisé de manière convergente et porteur d'une partie acide tétramique, et d'une cyclisation en cascade. Dans cette thèse, nous décrirons la synthèse de plusieurs acides tétramiques et polyènes linéaires intermédiaires, ainsi que les tentatives de leur couplage et de macrocyclisation. En outre, grâce à un précurseur polyène linéaire porteur de groupes fonctionnels nucléophile et électrophile, nous présenterons la cyclisation électrophile biomimétique suivie d'une réaction IMDA vers le noyau tricyclique de hirsutellone B, et donc la réalisation d'une synthèse totale formelle des hirsutellones A, B et C.
Dans le cadre de la recherche de composés biologiquement actifs, des alcaloïdes inhibiteurs de la chaîne respiratoire, les aurachines de type isoprénoïde-quinoléine, ont attiré notre attention pour réaliser leur synthèse qui a été inspiré par une autre hypothèse biosynthétique. Par conséquent, dans le cadre d'un projet de collaboration internationale, la première synthèse totale de l'aurachine D et de ses analogues de chaîne ou de cycle aromatique sera présentée, utilisant un procédé de Conrad-Limpach. Une cascade intéressante d'ouverture d'époxyde suite à une hydrogénation sera décrite vers la synthèse d'analogues de l'aurachine H. Une stratégie biomimétique basée sur une nouvelle hypothèse de biosynthèse sera également présentée, mettant en jeu une réaction d'Ullmann suivie d'un réarrangement de Claisen pour la synthèse des aurachines. Enfin, leurs activités biologiques ont été extensivement étudiées par nos collaborateurs et seront résumées.

 

Gilles-Alex PAKORA

Biocontrôle de la pourriture brune du cacaoyer par trois isolats de Trichoderma , étude des métabolites secondaires actifs et de leur biotransformation

Doctorat l'Université Pierre et Marie Curie (Paris 6, Ecole doctorale Chimie Moléculaire) sous la direction de Didier Buisson et la co-direction de Daouda Kone
Soutenance le 30 septembre 2013 à 14h devant le jury composé de M. Didier BUISSON (Chargé de recherches CNRS, Directeur de thèse), M. Daouda KONE (Professeur, Côte d'Ivoire ,Co-Directeur), Mme. Angèle Lengo MAMBU (Professeur, Rapporteur), M. Cédric BERTRAND (Maître de conférence, Rapporteur), Mme Claude JOLIVALT (Professeur , Examinateur), M. Michel DUCAMP (Chercheur CIRAD , Examinateur), M. Bastien NAY (Chargé de recherches CNRS, examinateur)

Résumé

La pourriture brune des cabosses de cacaoyer due aux espèces de Phytophthora est responsable de plus de 40% des pertes mondiales de cacao. La lutte chimique ayant montré ses limites, les recherches se sont orientées vers le biocontrôle de cette maladie. En Côte d'ivoire, premier pays producteur mondial, des études ont permis de sélectionner et d'identifier 3 isolats de Trichoderma ( T. virens T7, T. asperellum T54 et T. harzianum T40) comme antagonistes de la croissance de Phytophthora palmivora . L'étude chimique de ces 3 isolats de Trichoderma a conduit à l'isolement et à la production de 14 molécules dont une présente une structure originale, l'acide trichoderonique C et deux, la viridine et la gliovirine, produites en grande quantité présentent une activité inhibitrice contre P. palmivora . La viridine possède une activité inhibitrice de la germination des zoospores des souches de P. palmivora et la gliovirine agit contre la croissance mycélienne des souches de Phytophthora. Les études de biotransformation de la viridine ont montré sa détoxification par sa réduction en viridiol par de nombreux micro-organismes. En revanche, ce produit est phytotoxique et sa formation peut être une limite à la mise en place du biocontrôle par ces isolats de Trichoderma . Enfin, parmi les souches actives, la bactérie Rhodococcus globerolus réduit la viridine de manière non sélective en donnant le viridiol et le 3-épi-viridiol.

 

Hajer ABDELKAFI

SYNTHÈSE ASYMÉTRIQUE DU SYSTÈME POLYCYCLIQUE OXYGÉNÉ DU (+)-HARRINGTONOLIDE

Doctorat sous la direction de Bastien Nay.
Soutenance le 22 mars 2013 à 14h30 devant le jury composé de Pr. Dr. Philippe Belmont, Rapporteur (Univ. Paris 5), Dr. Nicolas Blanchard, Rapporteur (ENSCMu, Univ. Haute Alsace, Mulhouse), Pr. Dr. Janine Cossy, Examinateur (ESPCI, Paris), Dr. Thomas Fessard, Examinateur (ETH, Zürich), Pr. Dr. Giovanni Poli, Examinateur (Univ. Pierre et Marie Curie, Paris) Dr. Bastien Nay, Directeur de thèse (MNHN, Paris)

Résumé

L'harringtonolide, est un norditerpène polycyclique complexe isolé pour la première fois en 1978 des drupes de Cephalotaxus harringtonia. Cet arbre asiatique - que l'on peut d'ailleurs voir au Jardin des Plantes du Muséum National d'Histoire Naturelle - est utilisé en médecine traditionnelle chinoise contre la leucémie. Cette utilisation a suscité l'intérêt des chimistes pour les molécules extraites de cet arbre. Ainsi il a été prouvé que l'harringtonolide possède des activités antivirale et anti-tumorale, ou d'inhibition de la croissance végétale. De plus, cette molécule possède une structure originale qui n'a été observée que pour quatre autres molécules de la même famille. Toutes ces raisons nous ont amenée à envisager la synthèse de cette molécule sachant qu'aucune synthèse asymétrique n'a été, jusqu'à présent , rapportée. Nous nous sommes alors fixés une stratégie à 5 objectifs au départ du D-glucose, porteur de la chiralité, et passant par plusieurs étapes clés indispensables à la formation du cycle A, puis du cycle D, du pont oxygéné et enfin des cycles B et C. Le cycle A sera introduit grâce à une cyclisation de Diels-Alder intramoléculaire et stéréocontrôlée, le cycle D grâce à une fermeture de cycle par métathèse d'un 1,6-diène, les cycles oxygénés grâce à une réaction en cascade d'inspiration biomimétique, et enfin le cycle tropone C sera construit grâce à une cycloaddition [5+2]. Ce travail décrit la synthèse asymétrique du système oxygéné polycyclique du (+)-harringtonolide ainsi que les études préliminaires effectuées autour de la méthodologie de cycloaddition [5+2] en vue de la génération du cycle tropone C.

2012
 
SOUTENANCES DE THESE
 

Rémi DUCASSE

Etude structurale et fonctionnelle de peptides lasso à l'aide de méthodes spectroscopiques

Doctorat l'Université Pierre et Marie Curie (Paris 6, Ecole doctorale Iviv) sous la direction de Sylvie REBUFFAT
Soutenance le 29 octobre 2012 à 14h30 devant le jury composé de Mr Jean-Marc BERJEAUD, Mme Isabelle SEGALAS-MILAZZO, Mr Thierry FOULON, Mme Agnès DELMAS, Mr Ewen LESCOP, Mme Séverine ZIRAH, Mme Sylvie REBUFFAT.

Résumé

Les peptides lasso sont des peptides synthétisés par les bactéries selon la voie ribosomale et qui subissent des modifications post-traductionnelles, leur conférant une topologie remarquable incluant un nœud moléculaire. Ils possèdent un cycle macrolactame N-terminal, dans lequel est insérée et piégée la queue C-terminale. Cette topologie est stabilisée par des contraintes stériques et/ou des ponts disulfure. Leurs propriétés biologiques (antagonistes de récepteurs, inhibiteurs d’enzymes pouvant leur conférer des propriétés antivirales ou antibactériennes) et la très grande stabilité de leur structure « lasso » leur confèrent un fort attrait biotechnologique. Ce travail de thèse s’inscrit dans le contexte, de découverte de nouveaux peptides lasso et de compréhension des éléments de séquence gouvernant la topologie et l’activité de ces peptides, à travers le développement de méthodes spectroscopiques.
 

Idrissa NDOYE

Isolement et approche synthétique de produits naturels issus du champignon endophyte Paraconyothyrium variabile

Doctorat l'Université Pierre et Marie Curie (Paris 6, Ecole doctorale Chimie Moléculaire) sous la direction de Bastien NAY et le co-encadrement de Soizic PRADO
Soutenance le 29 février 2012 à 14h30 devant le jury composé de Mme Marie-Christine LALLEMAND, M. Guy LEWIN, M. Serge THORIMBERT, M. Bastien NAY et Mme Soizic PRADO

Résumé

Paraconiothyrium variabile est un champignon endophyte isolé du conifère Cephalotaxus harringtonia et a révélé un antagonisme significatif contre des phytopathogènes communs. Nous avons entrepris la caractérisation chimique des métabolites fongiques impliqués dans la relation mutualiste entre cette plante hôte et le champignon endophyte afin d'étudier leur rôle éventuel dans cet antagonisme. Le fractionnement de l'extrait AcOEt du filtrat de culture de P. variabile a révélé quatre principales familles de métabolites : a-tétralones, isocoumarines, isobenzofuranes et cyclodipeptides dans des conditions de culture différentes. La configuration absolue des trois a-tétralones portant un hydroxyle en C-4 a été déterminée comme S par analyse de leurs spectres de dichroïsme circulaire. La biotransformation de la juglone et de l'isosclérone par P. variabile a permis d'augmenter les quantités d'isosclérone et d'obtenir des analogues structuraux, respectivement. Des essais de dimérisation de l'isosclérone en milieu acide ont été réalisées vers le squelette naturel spirobisnaphtalène de type palmarumycine. Par ailleurs, un travail annexe apporte une contribution supplémentaire à la synthèse du précurseur linéaire des hirsutellones.

 

TRAN THI DU Chi

Comparaison de la réponse de deux souches de Planktothrix agardhii (productrice de microcystine et son mutant non producteur de MC) aux stress environnementaux.

Doctorat sous la direction de Cécile Bernard et Katia Comte.
Soutenance le 27 septembre 2012 à 14h devant le jury composé de Mr Marc TROUSSELLIER, Mme Annick MEJEAN, Mr Christophe LEBOULANGER, Mme Marie-Lise BOURGUET-KONDRACKI, Mme Cécile BERNARD, Mme Katia COMTE.

Résumé

Cyanobacteria blooms and the production of cyanotoxins represent a worldwide problem. The water blooms associated with toxin-producing cyanobacteria have impacts on biological communities, water quality, and affect human health as well. Little is known about the biological role of MC for producing organisms despite its importance in understanding the driving force of MC production. This study aimed to investigate the consequences of the loss of MC in Planktothrix agardhii cells in response to abiotic stress, specifically to high light condition. In this study, the responses to the high light stress of the WT and ? mcyD mutant strains of P. agardhii were investigated at 4 different levels : (1) the growth of the culture; (2) the MC content and composition; (3) the activities of antioxidant enzymes; and (4) the transcriptional levels of stress-related genes. The major findings showed evidences of the potential role of MC related to the response to abiotic stresses as follow : With regard to the effect of high light on the growth of the two P. agardhii strains, high light intensity of 240 µ mol.m-2.s-1 inhibited the growth of the ? mcyD mutant strain to a significantly greater extent than the WT. This finding suggested that the WT exhibited a better tolerance to high light stress than the ? mcyD mutant. On the MC content and composition, three MC variants were identified in the P. agardhii CYA126/8, which were: [Asp3]MC-RR (87%), [Asp3]MC-LR (17%) and [Asp3]MCHtyR (1%). Under normal growth condition, [Asp3]MC-RR was the most abundant while [Asp3]MC-HtyR was the most minor one, but under the exposure to high light stress, there was an explicit change in the MC composition during 7-day experiment. High light induced a obvious increase in the [Asp3]MC-LR content from the third day onward, while a decrease in the [Asp3]MC-RR content was observed toward the end. High light condition induced an enhancement in the activities of all three enzyme tested (SOD, CAT and GR) with the peak 2 hours after the shift from optimal light to high light condition. The accumulation of these enzymes in the WT strain was significantly greater than in the ? mcyD mutant. In both strains, five hsp genes were found to be strongly up-regulated by high light treatment including htpG, dnaK, hspA, groES and groEL. These genes also reached their highest expression levels 2 hours after the shift from low light to high light condition. Importantly, the WT strain accumulated higher levels of htpG and dnaK in response to high light stress. WT and ? mcyD mutant strains showed different chlorophyll fluorescence  rate in response to other abiotic stresses (high temperature, nitrogen and phosphorus starvation). Thus, the loss of MC resulted in an increase in the sensitivity to high light stress in the ? mcyD mutant strain. Moreover, the absence of MC in the ? mcyD mutant strain led to a lower level of enhancement of the antioxidant enzyme activities as well as a lower level of the accumulation of the transcripts of htpG and dnaK upon the shift from low to high light condition as compared to the WT strain, which may partly explain the better tolerance to high light stress of the WT strain. These results suggested that in Planktothrix agardhii, MC may have a beneficial role in the response to high light stress through its possible involvement in the cellular protective mechanisms. Also, for the first time, 10 genes from P. agardhii were successfully isolated and partially characterized. In addition to contributing to the knowledge of biological role of MC, this study provided a better understanding of cellular protection mechanisms against high light stress in Planktothrix agardhii.

 
SOUTENANCE D'HABILITATION A DIRIGER DES RECHERCHES
Séverine ZIRAH

Méthodes spectroscopiques pour la caractérisation structurale de biopolymères et l’ecologie chimique

HDR de l'Université Paris
Soutenance le 13 décembre 2012 a 10H devant un jury composé de MurielDELEPIERRE, ClaudeGRISON, Edwin DE PAW, Jean-Michel CAMADRO, Delphine DESTOUMIEUX-GARZÓN, Olivier LEQUIN, Sylvie REBUFFAT
2011
SOUTENANCES DE THESE
 

Muhammad ZAHID

Conception et optimisation de fragments d'anticorps.  

Doctorat de l'Université Paris Sud (allocation franco-pakistanaise) sous la direction de Philippe BILLIALD
Soutenance le 24 novembre 2011.
 

Aude LANGENFELD

Etude des bases moléculaires de l'intéraction symbiotique de champignons endophytes et de la plante-hôte Cephalotaxus harringtonia 

Doctorat du Muséum National d'Histoire Naturelle sous la direction de Joëlle DUPONT
Soutenance le 20 décembre 2011 à 14h devant le jury composé de : Mme Sylvie REBUFFAT, M. S. ROUSSOS, M. Pierre CHAMPY, M. Cony DECOCK, Mme Soizic PRADO, Mme Joëlle DUPONT.
 

Kok-Phen YAN

Mécanismes moléculaires gouvernant la biosynthèse des peptides lasso, peptides bioactifs bactériens : cas de la microcine J25  

Doctorat de l'Université Pierre et Marie Curie (Paris 6, Ecole doctorale Iviv) sous la direction de Sylvie REBUFFAT
Soutenance le 25 novembre 2011 à 14h30 dans le grand amphithéâtre d'entomologie (45 rue Buffon), devant un jury composé de Mr David PIGNOL, Mme Muriel GONDRY, Mr Michel MORANGE, Mme Flavia MARINELLI, Mme Tula SAISON-BEHMOARAS, Mme Yanyan LI, Mme Sylvie REBUFFAT
 

Marion GIRARDOT

Validation des activités antiparasitaires des constituants de Muntafara sessilifolia (Apocynaceae)  

Doctorat du Muséum National d'Histoire Naturelle sous la direction de Lengo MAMBU
Soutenance le 23 septembre 2011 à 14h30 devant le jury composé de : Mme Joëlle QUETIN-LECLERCQ, Mr Bernard WENIGER, Mr Joël BOUSTIE, Mr Alexis VALENTIN, Mme Christiane DEREGNAUCOURT, Mme Lengo MAMBU.
 

Kahina Maya MAKHLOUFI

Caractérisation d'une bactériocine produite par une bactérie lactique Leuconostoc pseudomesenteroides isolée du boza 

Doctorat de l'Université Pierre et Marie Curie (Paris 6, Ecole doctorale Iviv) sous la direction de Sylvie REBUFFAT
Soutenance le 8 juillet 2011 à 14h30 en salle des collections (63 rue Buffon), devant un jury composé de Mr Mohamed AMICHE, Mr Djamel DRIDER, Mr Ali LADRAM, Mr Germain TRUGNAN, Mme Sylvie REBUFFAT
 

Mélanie ROUE

Contribution de la flore bacterienne associée au métabolisme secondaire de l'éponge calcaire Clathrina clathrus

Doctorat de l'Université Pierre et Marie Curie (Paris 6, Ecole doctorale Iviv) sous la direction de Marie-Lise BOURGUET-KONDRACKI
Soutenance le 30 mai 2011 à 14h30 en salle des collections (63 rue Buffon), devant un jury composé de Mme Claude GRISON, M. Xavier TURON, M. Gilles BOEUF, Mr Gilles COMTE, M. Jean VACELET, Mme Marie-Lise BOURGUET-KONDRACKI
 

Cissé SOW

Etude fonctionnelle et évolutive de l'adressage des protéines dans le genre Plasmodium : le cas de la zinc-aminopeptidase de P. falciparum

Doctorat du Muséum National d'Histoire Naturelle sous la direction d' Isabelle FLORENT
Soutenance le 28 janvier 2011 à 14h devant le jury composé de : Mme Catherine Braun Breton (CNRS, Université de Montpellier II, rapporteur), Mme Denise Mattei (CNRS, Institut Pasteur de Paris, rapporteur), Mr Serge Bonnefoy (CNRS, Institut Pasteur de Paris, examinateur), Mme Pascale Debey (MNHN, examinateur), Mme Isabelle Florent (CNRS/MNHN, directrice de Thèse)
2010
SOUTENANCES DE THESE

Lorena Carneiro ALBERNAZ

Activités antiparasitaires et antifongiques des plantes du Cerrado : Spiranthera odoratissima et Diospyros hispida

Doctorat en cotutelle du Muséum National d'Histoire Naturelle et de l'Université de Brasilia sous la direction de Lengo Mambu et Laïla Salmen Espindola
Soutenance le 29 Octobre 2010 à 14h devant le jury composé de : Mme Monica TALLARICO PUPO (Université de São Paulo, rapporteur), Mr Didier STIEN (CNRS Guyane, rapporteur), Mr Cid Aimbiré SANTOS (Université de Parana, examinateur), Mr Philippe GRELLIER (MNHN, examinateur), Mme Laïla Salmen ESPINDOLA (Université de Brasilia, co-directrice de thèse), Mme Lengo MAMBU (MNHN, co-directrice de thèse)
 

Damien LACROIX

Constituants chimiques et activités antiparasitaires de trois plantes de la médecine traditionnelle ougandaise (région de Kibale): Markhamia lutea , Teclea nobilis et Citropsis articulata

Doctorat du Muséum National d'Histoire Naturelle sous la direction de Bernard BODO et Soizic PRADO
Soutenance le 30 SEPTEMBRE 2010 à 14h30, devant un jury composé de M. Al Mourabit Ali (ICSN Gif-Sur-Yvette, Rapporteur), M. Figuadère Bruno (Faculté de Pharmacie Paris 11, Rapporteur), M. Tillequin François (Faculté de Pharmacie Paris 5, Examinateur), M. Fromageot Claude (Yves Rocher, Examinateur), Mme Brunois Florence (Collège de France, Examinateur) Mme Prado Soizic (National d'Histoire Naturelle, Paris, Examinateur), M. Bodo Bernard (MNHN, Directeur de Thèse)
 

Solène THOMAZEAU

Systématique de cyanobactéries du continent africain par une approche polyphasique & scénarios évolutifs

Doctorat du Muséum National d'Histoire Naturelle sous la direction de Cécile BERNARD et Florence ROUSSEAU
Soutenance le 17 SEPTEMBRE 2010 à 14h30, devant un jury composé de Mme Annick WILMOTTE (Université Liège, Rapporteur), M. Marc BOUVY (IRD Montpellier, Rapporteur), M. Lucien HOFFMANN (Centre Gabriel Lippmann Luxembourg, Examinateur), M. Loïc TEN HAGE (Université Toulouse, Examinateur), Mme Cécile Bernard (MNHN, Directrice de thèse), Mme Florence ROUSSEAU (Université Pierre et Marie Curie,Co-directrice de thèse)
 

Mélodie MALÉCOT

Analyse des mécanismes de toxicité associés aux cyanobactéries

Doctorat du Muséum National d'Histoire Naturelle sous la direction de Marc ÉDERY
Soutenance le 06 SEPTEMBRE 2010 à 14h00, devant un jury composé du Pr Jérôme CACHOT (Université Bordeaux I, Rapporteur), Dr Valérie CHOUMET (Institut Pasteur, Rapporteur), Pr Max GOYFFON (MNHN, Examinateur), Dr Jorge DIOGÈNE (IRTA Espagne, Examinateur), Pr Geoffrey CODD (Université de Dundee, Examinateur), Dr Marc ÉDERY (INSERM, Directeur de thèse)
 

Elodie QUEVRAIN

Etude chimique et microbiologique d'un écosystème bactérien: cas de l'éponge calcaire Leuconia johnstoni

Doctorat de l'Université Pierre et Marie Curie (Paris 6, Ecole doctorale Iviv) sous la direction de Marie-Lise BOURGUET-KONDRACKI
Soutenance le 25 juin 2010 à 14h00 en salle des collections (63 rue Buffon), devant un jury composé de Mme Christine PAILLARD, M. François TILLEQUIN, Mme Isabelle DOMART-COULON, Mme Paola FURLA, M. Bernard KLOAREG, M. Michael MANUEL, Mme Marie-Lise BOURGUET-KONDRACKI
 

Aurélie LEDREUX

Contribution à l'appréciation du risque pour l'homme lors de l'apparition de neurotoxines émergentes : analyse de réponses cellulaires et sélection de modèles expérimentaux de criblage

Doctorat de l'Institut des Sciences et Industries du Vivant et de l'Environnement (Agro Paris Tech), sous la direction de Cécile Bernard et Sophie Krys
soutenu le 12 mars 2010 à 14h30 devant un jury composé de Dr Armelle Baëza (Rapporteur), Dr Jorge Diogène (Rapporteur), Dr Sylviane Dragacci (Examinateur), Dr Philipp Heiss (Examinateur), Dr Jordi Molgo (Examinateur), Pr Cécile Bernard (Directrice de thèse),
Dr Sophie Krys (Co-directrice de thèse)
Nassima RIACHE

Vers une synthèse biomimétique des hirsutellones, alcaloïdes-polycétides antimycobactériens

Doctorat de l'Université Pierre et Marie Curie (Paris 6, Ecole doctorale Chimie Moléculaire), sous la direction de Bastien NAY
soutenu le 27 janvier 2010 à 14h30 devant un jury composé de Dr Ali Almourabit (rapporteur), Pr Cyrille Kouklovsky (rapporteur), Pr Bernard Bodo (examinateur), Pr Giovanni Poli (examinateur), Pr Erwan Poupon (examinateur), Dr Bastien Nay (directeur de thèse)
SOUTENANCE D'HABILITATION A DIRIGER DES RECHERCHES

Linda KOHL

Les roles du flagelle chez le trypanosome

HDR de l'Université Paris
soutenance prévue le 1er juin 2010 à 10H00 dans l'amphithéatre de paléontologie (2 rue Buffon), devant un jury composé de Mr Frédéric BRINGAUD, Mr Frédéric TOURNIER, Mr Bernard CHINA, Mme Pascale DUPUIS-WILLIAMS, Mr. Dominique DUNON, Mr. Philippe GRELLIER
 
 

 

 

 

Imprimer Contact Plan du site Accueil

Molécules de Communication et Adaptation
des Micro-organismes (MCAM)

UMR 7245 CNRS/MNHN

Imprimer Contact Plan du site Crédits Accueil